寧採臣（張國榮飾）與燕赤霞（午馬飾）安葬好小倩的骨灰後，分道揚鑣。

寧採臣回到世間，正是奸臣當道，朝政混亂，民生困苦的時代。

寧偶入一家黑店，險被殘殺之際又被捕快誤抓入獄，遇到名士諸葛臥龍（谷峰飾），得其相救。

逃出獄後路經一所荒寺，被年青鬼馬道士知秋一葉（張學友飾）纏上，誤會不斷。

山莊中陰森恐布，隱藏著一隻巨屍，然巨屍未現，卻出現一夥白衣鬼魂。

寧偶摘掉其中一女子面具，發現其竟與昔日戀人小倩（王祖賢飾）一模一樣

《倩女幽魂2》中諸葛臥龍說：寫遊記，他們說我洩露國家機密；寫歷史，說我借古諷今；註解兵法，又說我策動謀反；寫神怪故事吧，又說我導人迷信；最後改寫名人傳記，結果這個名人失勢，被定為亂黨，我跟他一塊兒判了個終身監禁。由此可以看出諸葛臥龍是一個鬱郁不得志還被牽連入獄的文人。後來寧採臣在獄中與他相識，出獄後也冒他名諱行事。