SNP的研究在當前仍然可以用入火如荼形容，一方面 是各大資料庫可以方便檢索到幾乎任何一個基因的SNP分佈及其頻率，另一方面SNP的功能研究有非常大的研究空間和前景，這應歸於許多SNP的流行病關聯 研究重複性差，因此只有在功能上對其闡述才能解決根本問題。當前SNP功能研究主要有以下幾方面：1、報告基因轉染技術：這一技術主要用於研究啟動子 SNP對於mRNA轉錄效率，是透過觀察轉錄結局來判斷SNP是否具有功能。2、EMSA技術：透過在體外合成含SNP位點的寡 核苷酸與轉錄因子特異性結合，觀察結合的強度和效率,但是該技術由於只人工合成較短長度的寡核苷酸，沒有考慮SNP周圍遺傳背景環境的影響,因此在重複性 和說服力上不強。3、ChiP技術：該技術透過超聲將染色體碎片化, 再將碎片化的核酸與轉錄因子的結合，最後透過PCR技術觀察判斷結合的效率和強度，該技術克服了EMSA的一些缺點,當前做的文獻較多。