住院與使用醫保卡沒有直接關係，一般住院是辦理了住院手續，開始使用住院醫保基金，所有檢查化驗用藥和手術都是由醫保部門按照住院標準進行報銷的，報銷以外的費用有個人住院押金進行支付，所以在住院期間不影響醫保卡使用，醫保住院期間需要用藥等檢查，都由住院費用支出，不再需要醫保卡。

醫保住院需要報銷時，需攜帶本人身份證及影印件、本人醫保卡，入院2日內到所住醫院住院處辦理聯網審批登記手續，出院時即時報銷。
醫保卡住院時需要將持有的醫保卡拿到各定點醫療機構，醫療保險管理視窗辦理相應的出入院登記手續。
在住院時，憑身份證明和醫生入院安排，先在住院部繳納押金住院。
然後帶到病房時將醫保卡交服務檯，整個的醫療檢查治療過程當中就會把可以報銷的藥品器械與不可報銷的進行區分。
將不可報銷的進行繳費，現金結賬，將可報銷的部分予以記錄，同時在出院時可以申報相應的報銷手續。