早在距今8千多年前的新石器時代初期，南澳就有人類活動。

島上有兩處新石器時代文化遺址，一是東坑仔遺址，一是象山遺址。

* 西漢元鼎6年（公元前111年）南澳歸南海郡揭陽縣管轄。

* 明萬曆三年（1575年）詔設南澳副總兵，即“協守漳潮等處駐南澳付總兵”，分廣東、福建兩營。

* 清康熙二十四年（1685年）升設總兵，管轄閩南、臺灣、粵東海域軍事。

* 清雍正十年（1732年）設南澳廳。

* 民國元年（1912年）7月改南澳廳為南澳縣。

* 1914年10月，全縣原由廣東、福建分治劃歸廣東省管轄。

* 1918年2月13日，南澳大地震，深澳縣城夷為平地。

* 1927年，縣城從深澳移至隆澳（後宅）。1950年南澳解放，成立南澳縣人民政府，屬潮汕專區。

1983年汕頭地市合併以後，直屬汕頭市管轄。