首先：物流行業所涉及的稅種及稅率有以下：

一：增值稅

1、陸路（含鐵路）運輸、水路運輸、航空運輸和管道運輸服務 ：

一般納稅人：10%，

小規模納稅人：3%。

2、倉儲、配送及貨運代理等物流輔助服務 ：

一般納稅人：6%

小規模納稅人：3%

二、城建稅：

1、市區7% ；

2、縣、鎮5%；

3、其他：1%

三、教育費附加、地方教育費附加：

教育費附加：3%、

地方教育費附加：2%

四、所得稅：

1、基本稅率25%

2、符合條件的小型微利企業。（年應稅收入30萬以下）減按20%

3、國家重點扶持的高新技術企業。減按15%

4、符合條件的小型微利企業。（年應稅收入10萬以下）20%減半

五、印花稅

貨物運輸合同按運輸金額的萬分之五貼花；

租賃合同按千分之一貼花；帳本按5元/本繳納（每年啟用時）

六、城鎮土地使用稅

按實際佔用的土地面積繳納（各地規定不一）

七、 房產稅

按自有房產原值的70%*1.2%繳納

八、 車船稅按車輛繳納（各地規定不一，不同車型稅額不同）

物流運輸業的稅務風險有以下幾點

1：混淆收入類別

將“交通運輸業務”申報為”物流輔助服務業務“少納增值稅，造成稅負偏低

2：發票開錯

物流企業的客戶多是零星貨物運輸，金額不大，大部份客戶不會較真，以為零星貨物運輸就是物流輔助服務

3：銷售收入核算不準確

物流運輸的會計核算需要將：將簡易計稅專案與一般計稅專案分開核算，

分別核算的可根據實際情況選擇相對適應的稅率或徵收率

未分別核算的哪項稅率高選哪個稅率

不過，大部份物流企業未分別核算不同業務，而是將收取的包括快遞費、運費在內全部或大部分，作為收派服務申報納稅。

4：隱瞞銷售服務

快遞費是由：收件費、運輸費和送件費組成

快遞費則是：一次性收取，需要快遞總公司與加盟商結算收派費用。

加盟商納稅人是一般納稅人，但其採用簡易計稅辦法計稅的話，就會導致部分快遞企業難以獲得增值稅發票抵扣，造成，一部份物流公司乾脆採取隱瞞銷售服務，與加盟商結算時實行賬外結算。

5：進項稅額核算不完善

物流企業未將進項稅額合理劃分，存在多抵扣進項稅額的風險。

物流運輸業的稅務問題，因物流運輸業的行業特點，決定了其涉稅的重點和難點主要還是集中於一般納稅人增值稅申報繳納！

1、油耗

物流運輸企業成本很大一部分是油耗。現實工作中，司機加油的習慣和計劃性，決定了企業能否及時合理取得增值稅進項稅額。中小企業內部管理要求更顯突出！

財務人員對合理取得增值稅進項稅額負有管理監督的義務，但實際工作中，履行職責的有效性和力度，需要靠企業的考核管理職能發揮積極有效的作用！

油料供應商的甄別和選擇，是合理取得增值稅進項稅額的有效保證！

2、人力人本

人力成本作為物流運輸企業成本的重要組成部分，不可能取得增值稅進項稅額！這樣的現實情況，是物流運輸企業增值稅納稅義務的難點！目前沒有有效的辦法克服！

3、固定資產折舊

物流運輸企業固定資產以車輛為主，稅改以後，車輛購置的增值稅進項稅額，反映在固定資產取得的當期，造成的假象是物流運輸企業進項稅額嚴重不足。這樣的假象必然造成企業納稅規劃的行為極端，甚至又走入買賣發票的違法誤區！中小企業不可不查！

1、營改增之前，無論是普通發票還是增值稅專用發票，只要是道路運輸發票，都是一般納稅人趨之若鶩的抵扣憑證。這樣的慣性思維，延伸到營改增後，熱度依然不減！長期的合作商，已經形成了抵扣訴求慣性的模式。即便一般納稅人強制認定標準提高到500萬元，道路運輸業企業對於小規模納稅人身份的選擇，依然沒有自主權！

2、物流運輸業長期是買賣發票的重災區。運輸發票惡名已然形成，給正常經營的納稅人造成的負面影響短期不能消除。買賣發票的違法行為，近期雖然得到遏制，但給物流運輸外包業務的納稅人，因失控發票帶來的額外稅負和罰款滯納金，現實存在！

3、物流運輸企業不開票現金收入。納稅人隱匿不開票現金收入，給物流運輸企業集聚的風險，中小企業不可不重視！提高風險意識和法制觀念不可輕視！

企業發生銷售貨物，同時提供運輸業務，未分類核算構成混合銷售，這時候的運費也要按16%稅率計算銷項稅額。營改增以後，物流運輸業一般比例稅率是10%，會計核算的方法不同，造成的稅率虛高！現實工作中，物流運輸業企業，特別是中小企業不可不查！