工藤新一：我是高中生偵探工藤新一，和青梅竹馬的同學毛利蘭去遊樂園玩時，目擊到一個黑衣男子的可疑交易現場，沉迷於交易的我，沒有注意到從背後走過來的另一個夥伴，我被那個男人灌下了毒藥醒來之後……

江戶川柯南：身體已經縮小了，要是被那些傢伙發現工藤新一還活著，不但我的性命難保，還會危害到我周遭的人。在アカサ博士的建議下我決定隱藏身份生活，小蘭問到我的姓名我急中生智自稱江戶川柯南，為了找到關於那些人的線索，我住進了父親當偵探的小蘭家，這樣的我有著一個強敵，怪盜基德，身份不明的怪盜，化裝高手，不知為什麼竟然知道我的真實身份不可小視的傢伙，總有一天會親手抓住你的！那個基德的強敵京極真，雖然是高中生，但卻是有著四百戰無敗榮耀的空手道高手，不知為何似乎迷上了蘭的同班同學鈴木財閥的千金鈴木園子

鈴木園子：你在看什麼呀，快像往常一樣把話說完呀

江戶川柯南：身體變小了頭腦還是一樣，無所迷宮的名偵探，真相永遠只有一個！