因為轉基因玉米轉入了能夠使植物產生BT毒蛋白的蘇雲金桿菌的基因片段，產生的BT毒蛋白對鱗翅目害蟲有毒殺作用，只是對某些鱗翅目害蟲有防治作用，對其他害蟲沒有防治作用。準確的說轉BT基因的轉基因玉米可有效的防治玉米螟等部分鱗翅目害蟲，對鱗翅目以外的害蟲(如蚜蟲、白粉蝨、甲殼類等)並無防治作用。因此，轉基因玉米不生害蟲的說法本身就是錯誤的。

您所指的轉基因玉米應該是轉Bt基因玉米，Bt是一種殺蟲蛋白，它對鱗翅目、鞘翅目、同翅目、雙翅目等昆蟲具有高度特異的毒殺活性，因此轉基因玉米一般不會發生蟲害。目前轉基因作物研發中涉及的Bt 基因主要有編碼殺蟲晶體蛋白的Cry 類和Cyt 類基因，以及編碼營養期殺蟲蛋白的vip 類基因。Cry類基因編碼的Cry蛋白可以在鱗翅目等昆蟲的鹼性中腸中溶解，溶解後的Cry 蛋白經過昆蟲腸中蛋白酶的水解作用被啟用，釋放出有活性的毒性肽片段，這種毒性肽片段與昆蟲中腸上皮的刷狀緣膜囊( BBMV) 專一結合，結合後插入細胞膜，在膜上形成孔道或離子通道，從而破壞了膜的完整性，改變細胞內外離子濃度，細胞隨之解體，進而導致昆蟲死亡。Cyt 類基因編碼的Cyt 類蛋白進入昆蟲體內，然後在昆蟲鹼性腸道下溶解，並經過蛋白酶降解為有毒殺活性的片段，透過使細胞死亡進而導致昆蟲死亡。 營養期殺蟲蛋白( Vip) 是一種在菌體營養生長期分泌的殺蟲蛋白，這種蛋白的殺蟲原理是其在溶解、酶解後，釋放出62kD 具有毒殺作用的活性肽片段。該肽片段與位於昆蟲中腸上皮細胞的受體結合，之後在細胞膜上形成孔道，導致細胞死亡。