就降水量來說，準格爾盆地較多。兩大盆地雖然都深處內陸，受東南季風影響小，太平洋水汽難以到達，降水少。但是準格爾盆地位置較塔里木盆地北，更靠近北冰洋，受北冰洋水汽影響，所以降水多於塔里木盆地。

塔里木盆地:塔里木盆地具有明顯的環狀地理帶。從盆地邊緣向中心，環帶的變化規律是：高山帶、山麓礫石（戈壁）帶、綠洲帶、沙漠和鹽湖.四周為高山環繞，地形封閉，氣候特別乾旱。年降水量，邊緣部分在50～100毫米，中部在10毫米以下.北部有天山屏障，冬季溫暖，夏季炎熱，屬暖溫帶大陸性荒漠氣候

準噶爾盆地:位於天山與阿爾秦山之間略呈不等邊三角形，盆地西北邊緣山地有很多缺口,從大西洋、北冰洋吹來較溼潤氣流，降水稍多,因緯度位置較高，冬季氣候寒冷，夏季溫暖.

主要是平原和丘陵。準噶爾盆地在地質構造上為古陸臺。盆地內地貌，平原可分為兩區。北起阿爾泰山南麓，南抵沙漠北緣的北部平原，風蝕作用明顯，有大片風蝕窪地。南部平原南起天山北麓，北至沙漠北緣、可分兩帶，北帶為沙漠，南帶為天山北麓山前平原，是主要農業區。古爾班通古特沙漠是中國第二大沙漠，固定和半固定沙丘佔優勢，流動沙丘僅佔3%。沙漠區年降水量約100毫米，冬季有穩定積雪，在固定沙丘上植被覆蓋度約40%～50%，在半固定沙丘上約20%。丘間窪地生長牧草，夏季缺水，曾作冬季牧場，現已定點打井，夏季亦可放牧。準噶爾盆地是一塊古老的陸臺，陸臺核心是距今6億年前、非常古老的前寒武紀結晶岩層。盆地長期保持沉降狀態，沉積了淺海相灰巖和陸相的河湖相砂岩、泥岩、礫岩等。準噶爾盆地地層中的煤、石油及矽化木、恐龍、魚貝類等古生物化石，記錄和保留了盆地波瀾壯闊的地質發展史，堪稱不可多得的“史前地質博物館”。

準噶爾盆地年平均降水量400mm左右。

準葛爾盆地為溫帶大陸氣候，降水較少年降水量小於200毫米。

準噶爾盆地屬溫帶乾旱荒漠。年降水量70～150毫米，沙漠內部絕大部分為固定和半固定沙丘，其面積佔整個沙漠面積97%，形成中國面積最大的固定、半固定沙漠。固定沙丘上植被覆蓋度40～50%，半固定沙丘達15～25%，為優良的冬季牧場，沙漠內植物種類較豐富，可達百餘種。植物區系成分處於中亞向亞洲中部荒漠的過渡。

沙漠的西部和中部以中亞荒漠植被區系的種類佔優勢，廣泛分佈以白梭梭、梭梭、苦艾蒿、白蒿、蛇麻黃、囊果苔草和多種短命植物等；沙漠西緣有甘家湖梭梭林自然保護區，為中國唯一以保護荒漠植被而建立的自然保護區面積上千公頃。古爾班通古特沙漠的梭梭分佈面積達100萬公頃，在古湖積平原和河流下游三角洲上形成“荒漠叢林”。