1、外形結構不同

T2噬菌體具有蝌蚪狀外形，頭部呈正20面體，外殼由蛋白質構成，頭部包裹DNA作為遺傳物質。是遺傳物質比較特殊的一種病毒。

T4噬菌體具有典型的蝌蚪狀外形，頭部呈現六角形，尾部較長，可伸縮。頭部的蛋白質外殼內含有摺疊的DNA分子；尾部的蛋白質外殼為一中空的長管，外面包有可收縮的尾鞘。頭部大小為65*95奈米（nm)，頸部長95nm，尾部120奈米。

2、組成不同

T2噬菌體僅蛋白質分子中含有硫，磷幾乎都存在於DNA分子中，其化學組成中60%是蛋白質，40%是DNA。

而T4噬菌體的蛋白質含量多於T2噬菌體，約佔 76%～81%。

3、特徵不同

T2噬菌體與T4噬菌體在寄主細胞表面有不同的吸附位點：T4在大腸埃希氏菌(Escherichia coli)B菌株上的吸附位點是LPS核心多糖中的α-葡糖基-(1→3)葡萄糖末端，在K菌株上則為LPS或外膜蛋白 OmpC，而T2噬菌體的吸附位點與之不同。

T4噬菌體中還存在一種酶，稱為T4 DNA連線酶，在轉基因技術中用作黏性末端和平末端的連線酶。對平末端連線效率低下。