兩者在釋義與出處上有所不同。

一、釋義不同

1、和衷共濟：衷：內心；濟：渡。大家一條心，共同渡過江河。比喻同心協力，克服困難。

2、同舟共濟：舟：船；濟：渡，過灑。坐一條船，共同渡河。比喻團結互助，同心協力，戰勝困難。也比喻利害相同。

二、出處不同

1、和衷共濟

出處：周 先秦諸子《尚書·皋陶謨》：“同寅協恭和衷哉。”

譯文：君臣之間要相互敬重，同心同德

2、同舟共濟

出處：春秋 孫臏《孫子·九地》：“夫吳人與越人相惡也，當其同舟而濟，遇風，其相救也如左右手。”

譯文：吳華人和越華人相互厭惡，當他們同船渡河，遇風，他們相互救助對方如同左右手。

合舟共濟與同舟共濟的區別在於，表面上看，合舟共濟與同舟共濟僅僅只是一個字的差別，但是兩者的意思卻有很大的差別，合舟共濟是指把船隻合在一起以共同渡過難關，同舟共濟的意思是大家合併在一起以共同渡過困難或者是克服困難。

合舟共濟與同舟共濟，這兩組短語各四個字，有三個字是相同的，一個字不同，那麼二者的區別，就在這兩個不同的字眼上，“合舟”，突出在“合”上，意思是兩條舟合在一起，擴大規模，然後共同渡河前進。

比如，兩個經營相同的企業，若單個經營，難以發展，於是聯合起來成為一個較大的企業，勢力增強，便易於發展，這就是合舟共濟。

而“同舟”，突出在“同”上，同乘一條舟，比如，一方無舟，而另一方有，那麼無舟者便搭乘有舟者，與之共同渡河前進。