氫鍵用於連線鹼基，磷酸二酯鍵用於連線兩個核苷酸，也就是和磷酸分子相連的那兩個鍵

氫鍵的形成只是由於有機分子中氫原子被接近的帶有負電荷的氧原子吸引而形成的聯絡，是一種弱鍵，而不屬於共價鍵，而磷酸二酯鍵用於連線兩個核苷酸，也就是和磷酸分子相連的兩個鍵。

原子(atom)指化學反應不可再分的基本微粒，原子在化學反應中不可分割。但在物理狀態中可以分割。原子由原子核和繞核運動的電子組成。原子構成一般物質的最小單位，稱為元素。已知的元素有118種。

DNA連線酶既不作用在氫鍵,也不作用在磷酸二酯鍵.它是催化一段DNA末端的核苷酸上游離的羥基,與另一段DNA末端核苷酸上的遊離磷酸基酯化形成磷酸二酯鍵的酶.也就是說,部分磷酸二酯鍵是在DNA連線酶的催化下形成的,而不能說DNA連線酶作用於磷酸二酯鍵。

DNA聚合酶也不作用於氫鍵，它與DNA連線酶都是生成磷酸二酯鍵；而限制酶（限制性核酸內切酶）是破壞磷酸二酯鍵。

作用於氫鍵的一般考慮DNA解旋酶。