保留值等色譜分析有關術語，以及分配系、分配比、塔板高度、分離度、選擇性等方面均與氣相色譜相致；高效液相色譜所用基本理論：塔板理論與速率理論也與氣相色譜一致因液相色譜以液體代替氣相色譜中的氣體作流動相，則速率議程H=A+B/?+C?。

式中：縱向擴散項（分子擴散項）B/?對板高的影響與氣相色譜不同，由於液相色譜中組分分子在流動相中的擴散係數Dm僅氣相色譜中的萬分之一，因此縱向擴散項對板高的影響可以忽略不計。

於是影響液相色譜的主要因素是傳質項Cu。

由圖14—可知，氣相色譜（GC）的流動相流速u增時，板高H顯著增大（即柱效顯著降低），而液相色譜（LC）的流速增大時，板高增大不顯著（即柱效降低不顯著）。

說明高效液相色譜也有很高的分離效能，此外，氣相色譜的載氣權數，其性質差別也不大，對分離效果影響也不大。

而液相色譜的載液種類，性質差別也大，對分離效果影響顯著。

因此流動相的選擇很重要，並且在選擇流動相對應注意以下幾點：流動相對樣品有適當的溶解度，但不與樣品發生化學反應，也不與固定液互溶；流動相的純度要高（至少分析純）、粘度要小，以免帶進雜質和組分在流動相中擴散係數下降；流動相應與所用檢測器相匹配，不應對組分檢測產生干擾作用。

高效液相色譜不但具有高效、高速、高靈敏度的特點，還由於它的流動相（載液）種類比氣相色譜的流動相（載氣）多，因此可選用兩種或多種不同比例的液體作流動相，從機時可提高選擇性。

此外，液相色譜的餾分比氣相色譜易於收集。

便於為紅外、核磁等方法確定化合物結構提供純樣品。

由於高效液相色譜法具有以上特點，它適於分離、分析沸點高、熱穩定性差、分子量大（大於400）的氣相色譜法不能或不易分析的許多有機物和一些無機物，而這些物質佔化合物總數的75~80%。

因此它已廣泛用於核酸、蛋白質、氨基酸、維生素、糖類、脂類、甾類化合物、激素、生物鹼、稠環芳烴、高聚物、金屬螯合物、金屬有機化合物以及多種無機鹽類的分離和分析。

但是，高效液相色譜的固定相的分離效率、檢測器的檢測範圍以及靈敏度等方面，目還不如氣相色譜法。

此外對於氣體和易揮發物質的分析方面也遠不如氣相色譜法，因此高效液相色譜法和氣相色譜法配合使用可互相取長補短，相輔相成。