從題主的描述我估計你理解有誤或者沒把事情搞清楚，由於今年的疫情影響，2-6月份企業應繳納的社保作為國家及地方政府給企業的優惠政策扶持，都減免了，也就是2-6月份的企業應繳納的社保部分都不用交錢，企業都不用交，還會扣你的錢？

另外，如果企業真的把應由企業承擔的費用也扣了你的，那是不合法的，可申請勞動仲裁，根據社保條例，為員工繳納社保是企業必須履行的義務。

這種情況不合理，但是可能存在程式上的問題

一、先說說離職手續的問題。

員工離職，需要提前30天以上向公司提交離職申請（實習期員工提前3天），6月6日離職，如果一切正常的話，應該在5月5日前就提交有離職申請，這期間公司應該安排相應的工作交接和離職手續的辦理，人事部門根據員工的離職時間，會提前對你的社保辦理停保或者轉出程式。如果離職時間按照標準程式需要在6月6日，人事部門一定也想到了這種情況，一般都會在5月25日前把相應手續做完，然後停保，5月底就給把勞動關係解除為好，否則的話，就是自找苦吃。因為6月份有標準出勤，6月份五險一金的繳納需要正常繳納。社保是按照自然月計算的，員工離職時跨月所產生的社保費用，一般是在職狀態的天數也要也要按照自然月正常繳納，也即是企業承擔企業承擔部分，個人承擔個人承擔部分。

二、因為出勤不夠，這時候，人事部門可以就6月份所產生的社保費用與員工進行協商

因公司原因造成的未及時停保或轉出的，公司繼續承擔相應承擔部分，因員工原因造成的未及時停保造成的費用，原則上可以讓員工自行承擔。很多時候，人事部門的工作人員為了省事，以出勤不夠為理由，要求個人負擔所有費用，不合理，確實容易讓人產生不愉快。出現這種情況，建議協商。因為6月份有出勤，可以協商為按照本月實際出勤天數進行相應分擔，這樣的話，相對容易讓人理解，也不用上綱上線。

首先，明確一點，今年由於疫情影響，國家出臺了一系列優惠政策，今年中小微企業的社會保險-單位繳納部分是全額免徵的（醫保單位部分減半徵收），所以，不可能存在五險單位繳納部分都從你個人工資中扣除。

第二，社保是在7月份的時候，申報6月所屬期的社保五險。也就是說，在你離職一個月內，企業一直沒有給你辦理社保轉出，反而讓你繼續享受了一個月的社保，避免社保中斷，影響醫保的享受。

我認為，企業做得挺厚道的，給你充足的時間尋找下一份工作，續上社保。

第三，迴歸問題本身，企業五險一金的單位部分從個人工資中扣除，是違反法律法規的，你可以向人力資源與社會保障局申請勞動仲裁，並向公積金中心投訴。

不過，我個人不建議這樣做，費時費力，而且，金額也不大，你真正損失的，僅僅是醫保單位繳納部分的50%，反而享受了全額五險和公積金。

另外，你僅上了一星期的班，而企業給足了面子，給了你工資，還多交了一個月社保。在這種情況下，我覺得你可以與企業進行協商，看能否將醫保單位部分返回給你，實在不行，也就放棄吧，畢竟也就一百塊多錢。