秦朝的中央行政機關實行三公九卿制。

一、三公

1、丞相，政府最高行政長官，有一個秘書處十三曹，下轄九卿。

2、太尉，最高軍政長官，負責管理全國軍事事務，但他平時沒有軍權，戰時也要聽從皇帝的命令，而且要有皇帝的符節才能調動軍隊，軍權實際上也是掌握在皇帝手裡。

3、御史大夫，主要管理記事，其地位相當於副丞相，主要職責是管理圖籍、奏章，監察文武百官。

御史大夫下設御史中丞，駐在皇宮；侍御史，彈劾中央和皇宮一切事；監御史，中央派到地方各郡負責監督郡守的御史。

二、九卿

九卿是指古時中央政府的多個高階官員，指官位很高的人。秦漢時期的卿，不一定是九個人，九卿言其官職完備。

1、奉常，掌管宗廟禮儀，地位很高，屬九卿之首；

2、郎中令，掌管宮殿警衛；

3、衛尉，掌管宮門警衛；

4、太僕，掌管宮廷御馬和國家馬政；

5、廷尉，掌管司法審判；

6、典客，掌管外交和民族事務；

7、宗正，掌管皇族、宗室事務；

8、治粟內史，掌管租稅錢穀和財政收支；

9、少府，掌管專供皇室需用的山海池澤之稅及官府手工業。

秦朝中央政權的基本結構：實行三公九卿制，丞相、御史大夫和太尉是中央的最高官職，諸卿分掌政府的具體職能部門。

秦朝作為中華帝國的開端確立君、臣、民三層一元的政治結構君主與官僚構成統治階級。