東晉政區隨其疆域的變化而有增減。由於外族入侵與晉軍北伐，北疆時常變動；四川先後出現成漢、譙蜀等國；東南疆域大致固定。晉元帝時期，石勒入侵，北疆只剩淮南江陵一帶。成漢佔據四川，於347年被桓溫滅。桓溫發動三次北伐，一度收復山東及河南地區，後敗於前燕而止。前秦屢次入侵東晉領土，此時東晉僅剩揚、荊、江、廣、交、豫、徐、兗、益、寧七州，及兗、青、冀、司、幽、並、益等僑州，共十五州。

383年淝水之戰，前秦慘敗。隔年謝玄北伐，成功收復黃河、秦嶺以南地區。之後東晉內亂，桓玄篡位，譙蜀獨立，疆域萎縮。劉裕崛起後攻滅譙蜀並發動兩次北伐，收復四川、山東、河南及關中地區。然而劉裕因故返京，將領內亂，夏人入侵，關中得而復失。此時東晉領有揚、北徐、豫、江、北青、司、荊、北雍、東益、寧、交、廣、北並、北冀、梁、徐、北兗等十七州，及幽、冀、東秦、青、並、兗、秦、雍等僑州，共二十五州。

最直接的變化就是東晉的領土比西晉要小的多，差不多也就是西晉的一半左右吧，西晉是在結束三國紛爭，統一中國的基礎上建立的除佔有三國時期魏國，吳國和蜀漢的全部領土外還有所擴張，而東晉呢，是在西晉後期八王之亂，進而引發五胡亂華，後喪失近半國土和人口後，晉朝殘餘力量苟延殘喘建立的王朝。