密碼子（codon）是指信使RNA分子中每相鄰的三個核苷酸編成一組，在蛋白質合成時，代表某一種氨基酸的規律。

        信使RNA在細胞中能決定蛋白質分子中的氨基酸種類和排列次序。信使RNA分子中的四種核苷酸（鹼基）的序列能決定蛋白質分子中的20種氨基酸的序列。而在信使RNA分子上的三個鹼基能決定一個氨基酸。

密碼子（codon）：mRNA（或DNA）上的三聯體核苷酸殘基序列，該序列編碼著一個特定的氨基酸，tRNA 的反密碼子與mRNA的密碼子互補。起始密碼子（iniation codon）：指定蛋白質合成起始位點的密碼子。最常見的起始密碼子是甲硫氨酸或纈氨酸密碼。終止密碼子（termination codon）：任何tRNA分子都不能正常識別的，但可被特殊的蛋白質結合並引起新合成的肽鏈從翻譯機器上釋放的密碼子。存在三個終止密碼子：UAG，UAA和UGA。

主要分為三個方面的區別：概念不同、位置不同、功能不同1、概念不同遺傳資訊：基因中脫氧核苷酸(或鹼基)的排列順序。密碼子：指mRNA上決定一個氨基酸的3個相鄰鹼基，決定氨基酸的排列順序。反密碼子：與mRNA中的密碼子互補的tRNA一端的3個鹼基，起識別密碼子的作用。2、位置不同遺傳資訊是基因中脫氧核苷酸的排列順序，密碼子是mRNA上核苷酸的排列順序，反密碼子是位於tRNA，能與密碼子互補的三個鹼基。3、功能不同遺傳資訊是DNA分子的脫氧核苷酸的排列順序，可以將自己的資訊複製給子代，密碼子的作用是在蛋白質合成時確定在蛋白質肽鏈中的哪個位置是哪種氨基酸。而反密碼子的作用是在蛋白質合成中，把由密碼子決定的那一種氨基酸運輸到rRNA上，並由rRNA把該氨基酸連線到肽鏈上。