（一）理論基礎上不完備
生態農業是一種複雜的系統工程，它需要包括農學、林學、畜牧學、水產養殖、生態學、資源科學、環境科學、加工技術以及社會科學在內的多種學科的支援。以前的研究，往往是單一學科的，因此可能對這一複雜系統中的某種組分有了一定的、甚至是比較深入的瞭解，但是對於這些組分之間的相互作用還知之甚少。因此，需要進一步從系統、綜合的角度，對生態農業進行更加深入的研究，特別是要素之間的耦合規律、結構的最佳化設計、科學的分類體系，客觀的評價方法方面。這種研究應當建立在對現有生態農業模式進行深入的調查分析基礎上，必須超越生物學、生態學、社會科學和經濟學之間的界限，應當是多學科交叉與綜合，需要多種學科專家的共同參與，需要建立生態農業自身的理論體系。
（二）技術體系不夠完善
在一個生態農業系統中，往往包含了多種組成成分，這些成分之間具有非常複雜的關係。例如，為了在魚塘中飼養鴨子，就要考慮鴨子的飼養數量，而鴨子的數量將受到水的交換速度、水塘容積、水體質量、魚的品種型別和數量、水溫、鴨子的年齡和大小等眾多條件的制約。在一般情況下，農民們並沒有足夠的理論知識和經驗對這一複合系統進行科學的設計，而簡單地照搬另一個地方的經驗，也是非常困難的，往往並不能取得成功。但目前在生態農業實踐中，還缺乏技術措施的深入研究，既包括傳統技術如何發展，也包括高新技術如何引進等問題。
（一）理論基礎上不完備
生態農業是一種複雜的系統工程，它需要包括農學、林學、畜牧學、水產養殖、生態學、資源科學、環境科學、加工技術以及社會科學在內的多種學科的支援。以前的研究，往往是單一學科的，因此可能對這一複雜系統中的某種組分有了一定的、甚至是比較深入的瞭解，但是對於這些組分之間的相互作用還知之甚少。因此，需要進一步從系統、綜合的角度，對生態農業進行更加深入的研究，特別是要素之間的耦合規律、結構的最佳化設計、科學的分類體系，客觀的評價方法方面。這種研究應當建立在對現有生態農業模式進行深入的調查分析基礎上，必須超越生物學、生態學、社會科學和經濟學之間的界限，應當是多學科交叉與綜合，需要多種學科專家的共同參與，需要建立生態農業自身的理論體系。
（二）技術體系不夠完善
在一個生態農業系統中，往往包含了多種組成成分，這些成分之間具有非常複雜的關係。例如，為了在魚塘中飼養鴨子，就要考慮鴨子的飼養數量，而鴨子的數量將受到水的交換速度、水塘容積、水體質量、魚的品種型別和數量、水溫、鴨子的年齡和大小等眾多條件的制約。在一般情況下，農民們並沒有足夠的理論知識和經驗對這一複合系統進行科學的設計，而簡單地照搬另一個地方的經驗，也是非常困難的，往往並不能取得成功。但目前在生態農業實踐中，還缺乏技術措施的深入研究，既包括傳統技術如何發展，也包括高新技術如何引進等問題。