按照你的問題推測診所的規模可能比較大了，下面分設立賬簿問題和稅收問題回答，請你參考。
一、設定賬簿問題。政策依據就是《個體工商戶建賬管理暫行辦法》，按照你的註冊資金或業務收入大小分別要求設定複式賬或簡易賬，對標準以下確無建賬能力的要求建立收支憑證貼上簿、進銷貨登記簿或使用稅控裝置。你可依據自己的情況做出選擇，在此，建議委託當地稅務代理處理賬務、報稅、發票等稅務事項。
二、稅務問題。你主要涉及增值稅和個人所得稅業務。增值稅方面，營改增後政策有了較大變化，首先主要看你提供的醫療服務是否符合財稅【2016】36號附件3規定的免徵增值稅條件，這個作為附件放到後邊自己對照一下。其次，如果不符合上邊檔案，你又是增值稅一般納稅人，按照生活服務中的醫療服務6%徵稅，對取得的與收入相關的購進專案所取得的增值稅專用發票可以抵稅，普通發票不行。而且，不適用增值稅起徵點的規定。如果你是小規模納稅人，你要確定月營業額超過10萬元沒有，不超過免增值稅。再次，個人所得稅按照生產經營所得累進稅率繳納，不再贅述，如有需要，可檢視我最近的文章。
附:《財政部 國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）附件3的第一條第七項規定，醫療機構提供的醫療服務免徵增值稅。醫療機構，是指依據國務院《醫療機構管理條例》（國務院令第149號）及衛生部《醫療機構管理條例實施條例》（衛生部令第35號）的規定，經登記取得《醫療機構執業許可證》的機構，以及軍隊、武警部隊各級各類醫療機構。
具體包括：各級各類醫院、門診部（所）、社群衛生服務中心（站）、急救中心（站）、城鄉衛生院、護理院（所）療養院……等醫療機構。醫療服務，是指醫療機構按照不高於地（市）級以上價格主管部門會同同級衛生主管部門及其他相關部門制定的醫療服務指導價格（包括政府指導價和按照規定由供需雙方協商確定的價格等）為就醫者提供《全國醫療服務價格專案規範》所列的各項服務，以及醫療機構向社會社會提供衛生防疫、衛生檢疫的服務。
按照你的問題推測診所的規模可能比較大了，下面分設立賬簿問題和稅收問題回答，請你參考。
一、設定賬簿問題。政策依據就是《個體工商戶建賬管理暫行辦法》，按照你的註冊資金或業務收入大小分別要求設定複式賬或簡易賬，對標準以下確無建賬能力的要求建立收支憑證貼上簿、進銷貨登記簿或使用稅控裝置。你可依據自己的情況做出選擇，在此，建議委託當地稅務代理處理賬務、報稅、發票等稅務事項。
二、稅務問題。你主要涉及增值稅和個人所得稅業務。增值稅方面，營改增後政策有了較大變化，首先主要看你提供的醫療服務是否符合財稅【2016】36號附件3規定的免徵增值稅條件，這個作為附件放到後邊自己對照一下。其次，如果不符合上邊檔案，你又是增值稅一般納稅人，按照生活服務中的醫療服務6%徵稅，對取得的與收入相關的購進專案所取得的增值稅專用發票可以抵稅，普通發票不行。而且，不適用增值稅起徵點的規定。如果你是小規模納稅人，你要確定月營業額超過10萬元沒有，不超過免增值稅。再次，個人所得稅按照生產經營所得累進稅率繳納，不再贅述，如有需要，可檢視我最近的文章。
附:《財政部 國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）附件3的第一條第七項規定，醫療機構提供的醫療服務免徵增值稅。醫療機構，是指依據國務院《醫療機構管理條例》（國務院令第149號）及衛生部《醫療機構管理條例實施條例》（衛生部令第35號）的規定，經登記取得《醫療機構執業許可證》的機構，以及軍隊、武警部隊各級各類醫療機構。
具體包括：各級各類醫院、門診部（所）、社群衛生服務中心（站）、急救中心（站）、城鄉衛生院、護理院（所）療養院……等醫療機構。醫療服務，是指醫療機構按照不高於地（市）級以上價格主管部門會同同級衛生主管部門及其他相關部門制定的醫療服務指導價格（包括政府指導價和按照規定由供需雙方協商確定的價格等）為就醫者提供《全國醫療服務價格專案規範》所列的各項服務，以及醫療機構向社會社會提供衛生防疫、衛生檢疫的服務。