1、首先要拿到自己要設計引物的目的基因。這裡我使用一段GFP基因給大家講解。將目的基因儲存在txt文件裡面，或者直接複製下來後在DNAMAN裡面新建文件複製進去。下面是我們要設計引物的GFP基因序列。
2、開啟DNAMAN，選擇選單裡面的Primer-->Load Primer-->From Input。將上一步中的目的基因序列從開頭開始的20個左右的鹼基複製貼上進去(引物長度要在15—30bp之間，常用的是18-27bp)，比如我們先試試前20個鹼基是否合適，將ATTGATGTGATATCTCCACT這20個鹼基複製貼上進去，點選OK。
3、再次點選Primer，選擇Melting Temperature，開啟對話方塊。這裡面可以看到你的鹼基序列，個數以及Thermo，也即Tm值，是溶解溫度。Tm值一般在55℃到70℃之間比較好，PCR儀的退火溫度一般設定比primer的Tm低5℃（不過一般情況我們都設定為55℃，因此Tm值在60左右比較好）。
4、從上圖可以看到我們這20個鹼基的Tm值只有49度，顯然太低，需要增加鹼基數量。我們取前24個鹼基貼上進去，點選下方Show Tm便可以看到這個引物的Tm值，發現是60.3度，很合適，就用這個了。這樣正向引物就設計完了，把這24個鹼基序列儲存下來。
5、設計反向引物需要將目的基因序列進行反向互補，然後按照正向引物一樣的方法設計便可。反向互補操作可以在DNAMAN裡面快速方便進行。開啟DNAMAN，選擇左側第一個Channel，然後點選選單欄的Sequence-->Load Sequence-->From Sequence File…將我們儲存目的基因的txt文件匯入到軟體中。【開啟txt文件的時候記得在開啟視窗中的檔案型別裡面選擇All Files】
6、可以看到序列被匯入到了第一個Channel，雙擊這個Channel便可以看到我們的序列的詳細資訊。
7、保持Channel 1選中的狀態，選擇Sequence-->Display Sequence，開啟對話方塊。
8、選擇對話方塊中的Reverse Complement Seq，其他的複選框都取消。然後點選OK。
9、這樣就可以看到目的基因的反向互補序列了。
10、對這個反向互補序列進行和上面設計正向序列引物一樣的操作，設計引物便可。具體的不再囉嗦，我直接把我的設計結果告訴大家：選擇前24個鹼基，也即TCAAAGATCTACCATGTACAGCTC，Tm值為57.6，比較合適。到此引物設計就結束了。拿著剛才設計的正向引物和這裡設計的反向引物就可以找公司幫我們合成引物了。
1、首先要拿到自己要設計引物的目的基因。這裡我使用一段GFP基因給大家講解。將目的基因儲存在txt文件裡面，或者直接複製下來後在DNAMAN裡面新建文件複製進去。下面是我們要設計引物的GFP基因序列。
2、開啟DNAMAN，選擇選單裡面的Primer-->Load Primer-->From Input。將上一步中的目的基因序列從開頭開始的20個左右的鹼基複製貼上進去(引物長度要在15—30bp之間，常用的是18-27bp)，比如我們先試試前20個鹼基是否合適，將ATTGATGTGATATCTCCACT這20個鹼基複製貼上進去，點選OK。
3、再次點選Primer，選擇Melting Temperature，開啟對話方塊。這裡面可以看到你的鹼基序列，個數以及Thermo，也即Tm值，是溶解溫度。Tm值一般在55℃到70℃之間比較好，PCR儀的退火溫度一般設定比primer的Tm低5℃（不過一般情況我們都設定為55℃，因此Tm值在60左右比較好）。
4、從上圖可以看到我們這20個鹼基的Tm值只有49度，顯然太低，需要增加鹼基數量。我們取前24個鹼基貼上進去，點選下方Show Tm便可以看到這個引物的Tm值，發現是60.3度，很合適，就用這個了。這樣正向引物就設計完了，把這24個鹼基序列儲存下來。
5、設計反向引物需要將目的基因序列進行反向互補，然後按照正向引物一樣的方法設計便可。反向互補操作可以在DNAMAN裡面快速方便進行。開啟DNAMAN，選擇左側第一個Channel，然後點選選單欄的Sequence-->Load Sequence-->From Sequence File…將我們儲存目的基因的txt文件匯入到軟體中。【開啟txt文件的時候記得在開啟視窗中的檔案型別裡面選擇All Files】
6、可以看到序列被匯入到了第一個Channel，雙擊這個Channel便可以看到我們的序列的詳細資訊。
7、保持Channel 1選中的狀態，選擇Sequence-->Display Sequence，開啟對話方塊。
8、選擇對話方塊中的Reverse Complement Seq，其他的複選框都取消。然後點選OK。
9、這樣就可以看到目的基因的反向互補序列了。
10、對這個反向互補序列進行和上面設計正向序列引物一樣的操作，設計引物便可。具體的不再囉嗦，我直接把我的設計結果告訴大家：選擇前24個鹼基，也即TCAAAGATCTACCATGTACAGCTC，Tm值為57.6，比較合適。到此引物設計就結束了。拿著剛才設計的正向引物和這裡設計的反向引物就可以找公司幫我們合成引物了。