根據不同的缸體和飼養的生物大小及密度選擇過濾一般是：大中型魚，比如龍魚 虎魚 魟魚 錦鯉大中型三湖慈鯛之類，這些都屬於能吃能拉的，對過濾能力要求比較高，一般只能底濾（為主）或者三層滴流上濾。中小型魚，比如南美短鯛 燈科魚 卷貝類慈鯛 蝦虎，這些依據缸體從大到小，密度從高到低，可以考慮用底濾 滴流盒 外接過濾桶 背濾 外接瀑布過濾 水妖精。海水缸因為過濾系統的特殊性，正常都是底濾或者背濾。蝦缸的主流是外接過濾桶+水妖精（+底濾板）。草缸的主流是外接過濾桶。小型蝦缸/草缸可以只用瀑布過濾或者水妖精。無論是淡/海水的微缸（20cm*20cm*20cm左右），都可以不裝過濾，透過定期換水來維持水質，當然微缸對玩家的技術要求相對較高

外接過濾桶，效能比上過濾好，不過還是沒有下部過濾強大，清洗比較難，吸汙能力沒有下過濾好，不過在一個不能改底濾或者上濾不夠的情況下，是個非常好的選擇。下部過濾槽，維護方便，可以改造成乾溼分離，或者在壓力實在大的時候加氣泡石提高過濾槽的過濾能力，比過濾桶使用方便。

外接過濾桶，效能比上過濾好，不過還是沒有下部過濾強大，清洗比較難，吸汙能力沒有下過濾好，不過在一個不能改底濾或者上濾不夠的情況下，是個非常好的選擇。下部過濾槽，維護方便，可以改造成乾溼分離，或者在壓力實在大的時候加氣泡石提高過濾槽的過濾能力，比過濾桶使用方便。

底濾可以大量放置過濾材料，生物過濾效果大大的優於濾桶，且可以將溫控裝置放底缸裡，使主缸更簡潔，另外對於海水飼養來說，還能設定藻缸、蛋分、鈣反等特殊裝置。 桶濾使水體中二氧化碳的逃逸量大大減少，對水草種植極為有利，植物能直接吸收和利用銨、氨，所以對過濾要求並不高，所以草缸首先桶濾。