這是一篇與原作RPG主角一樣從真新鎮出發的少年小智，和他的神奇寶貝與皮卡丘，刻畫友情與成長的故事。沿襲原作故事節奏展開第一集的冒險故事。
設定中自然有登場人物與反派角色等，就因為初期這種獨特的表達方式，將遊戲中的世界觀毫不保留的完整呈現在動畫中。這可以說是擔任系列構成的首藤剛志先生最擅長的方式。首藤也構想出火箭隊登場時“既然你誠心誠意的發問了──”的臺詞。
創造了跟隨小智一起旅行的道館訓練家好友小剛與小霞，也創造出了“老梗新用”的反派角色，敵對組織火箭隊的隊員武藏與小次郎，更賦予他們有一隻能夠說人話的罕見神奇寶貝喵喵。
假如小智沒有選擇皮卡丘作為最初的神奇寶貝，反而選擇最初3只的其中之一的話，或許會讓人大失所望。不僅遊戲受歡迎，再加上最初的神奇寶貝使用光的三原色，但是如果沒有皮卡丘可以選擇也一定會遜色許多。
主角小智與大木博士的孫子、小智的對手──小茂的命名，是源自原作RPG《神奇寶貝 紅·綠》提供的名字之一，是以該遊戲開發者田尻智及任天堂董事宮本茂的名字作為基礎。小智得到皮卡丘後以寶可夢大師為目標，踏上訓練員之路。
在旅程的開端，有個小智與皮卡丘的動人故事： 由於小智的皮卡丘不肯服從小智，小智惟有靠自己捉神奇寶貝，連續捉2只失敗，就在小智以擲石作攻擊命中目標時，驚覺那不是波波，而是烈雀。小智及皮卡丘遭受襲擊，慌忙逃走。
其間一個女子在釣魚期間拯救了他們，小智按她的指示，向常槃市衝去，但被烈雀群追上，此時皮卡丘已受重傷，為了救它，小智不惜犧牲自己，抵擋烈雀群。皮卡丘眼見小智捨身相救，終於明白小智對它的愛護及好意，就在烈雀群即將擊中小智的千鈞一髮之際，它衝到小智面前，並使出強烈的“電擊”絕招! 終於成功把烈雀群趕走了，小智和皮卡丘亦終於成為好友。
此時小智及皮卡丘遇見了一隻神秘的神奇寶貝(大木博士也不敢相信小智遇上它)，是後來小智估計的鳳王(由於當時金銀版還未推出，其名字最初是透過漫畫版的資料公佈的)。之後小智和拯救他及皮卡丘的女子──小霞結伴同行，其後認識小剛，尼比市道館賽後小剛加入成為新的同伴。
小智在石英聯盟由初賽出線至淘汰賽，於16強止步。回到真新鎮後，小智為了替大木博士拿GS球而前往橘子群島，在一時興起下決定挑戰橘子聯盟，到最後奪得勝利者杯。
在從橘子群島回來後，與一直以來視為勁敵的小茂首度交鋒，雙方派出自己最自豪的神奇寶貝，皮卡丘對抗伊布，一番苦戰後小智戰敗，對小茂誓言下次絕不會再輸，也決定要挑戰城都聯盟，往城都地方出發。
而在城都聯盟白銀大會決勝錦標賽的第一回戰中再度與小茂對碰，6對6的全面對戰，雙方都以最強的陣容來應戰，最後一戰，小智的噴火龍戰勝小茂最強的水箭龜，小智晉級。但是到了第二回戰與來自豐緣地區的葉越交手時，葉越充滿特性的神奇寶貝使小智陷入危機，小智和葉越激戰後派出最後僅餘仍能作戰的神奇寶貝-噴火龍和火焰雞作最終對決，最後噴火龍失去戰鬥能力，小智戰敗，8強止步。
白銀大會結束後小智與必須回家的小霞和小剛告別，重回真新鎮的小智想著自己從未到過的豐緣地區，決定為了重新出發，於是只帶著皮卡丘前往豐緣地區挑戰豐緣聯盟，第一部完。
擴充套件資料：
角色介紹——
1、小智
《神奇寶貝》動畫全系列主角，年齡10歲(第一代~第六代)，出身於真新鎮，是個朝氣蓬勃、熱愛寶可夢的少年。以寶可夢大師為目標持續旅行的他，雖然技術還不是很成熟，但是隨著經驗增加而逐漸進步。造型範本為GB紅、綠版的男主角，名字是以原案企劃者田尻智來命名。
2、皮卡丘
電系，雄性，鼠寶可夢。小智的初始寶可夢，也是最親密的搭檔，是小智自故事開始目前唯一一隻跟隨的夥伴，每當小智在新地方展開旅行時總是隻帶著它，其餘收服到的則全數留在真新鎮。討厭待在精靈球裡，亦拒絕進化，深信不進化也能戰勝自己的進化型—雷丘。為火箭隊兩人一貓組的固定捉拿目標。
3、小霞
《神奇寶貝》的女主角，年齡10歲。自稱是世界級美少女、頑皮人魚公主、華藍美女四姊妹的老么，現任華藍市道館訓練家。喜歡水系寶可夢，立志成為水系寶可夢大師，討厭蟲系寶可夢。性格強勢，經常和小智吵架，自尊心高，有相當的正義感，但她也有柔弱纖細的女孩子的一面。對小智有一定的好感。造型範本為GB紅、綠版的華藍市道館訓練家。
4、小剛
《神奇寶貝》（橘子群島篇除外）至《精靈寶可夢鑽石&珍珠》的第二男主角。原是尼比市道館訓練家（年齡約15歲）。為人非常細心，擅長做各種家事及料理，有父母和十個弟妹。非常好女色，對漂亮大姐姐毫無抵抗力，會自動衝過去搭訕。
具有分辨不同城鎮的喬伊小姐、君莎小姐的能力，不過他對火箭隊等人偽裝的女性完全沒有感覺。目標是成為寶可夢飼育家，而在神奧聯盟後的一次事件令他改變志向，令他立志成為寶可夢醫生。造型範本為GB紅、綠版的尼比市道館訓練家。
這是一篇與原作RPG主角一樣從真新鎮出發的少年小智，和他的神奇寶貝與皮卡丘，刻畫友情與成長的故事。沿襲原作故事節奏展開第一集的冒險故事。
設定中自然有登場人物與反派角色等，就因為初期這種獨特的表達方式，將遊戲中的世界觀毫不保留的完整呈現在動畫中。這可以說是擔任系列構成的首藤剛志先生最擅長的方式。首藤也構想出火箭隊登場時“既然你誠心誠意的發問了──”的臺詞。
創造了跟隨小智一起旅行的道館訓練家好友小剛與小霞，也創造出了“老梗新用”的反派角色，敵對組織火箭隊的隊員武藏與小次郎，更賦予他們有一隻能夠說人話的罕見神奇寶貝喵喵。
假如小智沒有選擇皮卡丘作為最初的神奇寶貝，反而選擇最初3只的其中之一的話，或許會讓人大失所望。不僅遊戲受歡迎，再加上最初的神奇寶貝使用光的三原色，但是如果沒有皮卡丘可以選擇也一定會遜色許多。
主角小智與大木博士的孫子、小智的對手──小茂的命名，是源自原作RPG《神奇寶貝 紅·綠》提供的名字之一，是以該遊戲開發者田尻智及任天堂董事宮本茂的名字作為基礎。小智得到皮卡丘後以寶可夢大師為目標，踏上訓練員之路。
在旅程的開端，有個小智與皮卡丘的動人故事： 由於小智的皮卡丘不肯服從小智，小智惟有靠自己捉神奇寶貝，連續捉2只失敗，就在小智以擲石作攻擊命中目標時，驚覺那不是波波，而是烈雀。小智及皮卡丘遭受襲擊，慌忙逃走。
其間一個女子在釣魚期間拯救了他們，小智按她的指示，向常槃市衝去，但被烈雀群追上，此時皮卡丘已受重傷，為了救它，小智不惜犧牲自己，抵擋烈雀群。皮卡丘眼見小智捨身相救，終於明白小智對它的愛護及好意，就在烈雀群即將擊中小智的千鈞一髮之際，它衝到小智面前，並使出強烈的“電擊”絕招! 終於成功把烈雀群趕走了，小智和皮卡丘亦終於成為好友。
此時小智及皮卡丘遇見了一隻神秘的神奇寶貝(大木博士也不敢相信小智遇上它)，是後來小智估計的鳳王(由於當時金銀版還未推出，其名字最初是透過漫畫版的資料公佈的)。之後小智和拯救他及皮卡丘的女子──小霞結伴同行，其後認識小剛，尼比市道館賽後小剛加入成為新的同伴。
小智在石英聯盟由初賽出線至淘汰賽，於16強止步。回到真新鎮後，小智為了替大木博士拿GS球而前往橘子群島，在一時興起下決定挑戰橘子聯盟，到最後奪得勝利者杯。
在從橘子群島回來後，與一直以來視為勁敵的小茂首度交鋒，雙方派出自己最自豪的神奇寶貝，皮卡丘對抗伊布，一番苦戰後小智戰敗，對小茂誓言下次絕不會再輸，也決定要挑戰城都聯盟，往城都地方出發。
而在城都聯盟白銀大會決勝錦標賽的第一回戰中再度與小茂對碰，6對6的全面對戰，雙方都以最強的陣容來應戰，最後一戰，小智的噴火龍戰勝小茂最強的水箭龜，小智晉級。但是到了第二回戰與來自豐緣地區的葉越交手時，葉越充滿特性的神奇寶貝使小智陷入危機，小智和葉越激戰後派出最後僅餘仍能作戰的神奇寶貝-噴火龍和火焰雞作最終對決，最後噴火龍失去戰鬥能力，小智戰敗，8強止步。
白銀大會結束後小智與必須回家的小霞和小剛告別，重回真新鎮的小智想著自己從未到過的豐緣地區，決定為了重新出發，於是只帶著皮卡丘前往豐緣地區挑戰豐緣聯盟，第一部完。
擴充套件資料：
角色介紹——
1、小智
《神奇寶貝》動畫全系列主角，年齡10歲(第一代~第六代)，出身於真新鎮，是個朝氣蓬勃、熱愛寶可夢的少年。以寶可夢大師為目標持續旅行的他，雖然技術還不是很成熟，但是隨著經驗增加而逐漸進步。造型範本為GB紅、綠版的男主角，名字是以原案企劃者田尻智來命名。
2、皮卡丘
電系，雄性，鼠寶可夢。小智的初始寶可夢，也是最親密的搭檔，是小智自故事開始目前唯一一隻跟隨的夥伴，每當小智在新地方展開旅行時總是隻帶著它，其餘收服到的則全數留在真新鎮。討厭待在精靈球裡，亦拒絕進化，深信不進化也能戰勝自己的進化型—雷丘。為火箭隊兩人一貓組的固定捉拿目標。
3、小霞
《神奇寶貝》的女主角，年齡10歲。自稱是世界級美少女、頑皮人魚公主、華藍美女四姊妹的老么，現任華藍市道館訓練家。喜歡水系寶可夢，立志成為水系寶可夢大師，討厭蟲系寶可夢。性格強勢，經常和小智吵架，自尊心高，有相當的正義感，但她也有柔弱纖細的女孩子的一面。對小智有一定的好感。造型範本為GB紅、綠版的華藍市道館訓練家。
4、小剛
《神奇寶貝》（橘子群島篇除外）至《精靈寶可夢鑽石&珍珠》的第二男主角。原是尼比市道館訓練家（年齡約15歲）。為人非常細心，擅長做各種家事及料理，有父母和十個弟妹。非常好女色，對漂亮大姐姐毫無抵抗力，會自動衝過去搭訕。
具有分辨不同城鎮的喬伊小姐、君莎小姐的能力，不過他對火箭隊等人偽裝的女性完全沒有感覺。目標是成為寶可夢飼育家，而在神奧聯盟後的一次事件令他改變志向，令他立志成為寶可夢醫生。造型範本為GB紅、綠版的尼比市道館訓練家。