2021年，鄉鎮衛生院是國家撥付50%，當地自籌50%

鄉鎮衛生院、縣市人民醫院、中醫院屬於差額撥款事業單位。 婦幼保健所(院)、皮防所、血防站、防疫站屬於全額撥款事業單位。

事業單位一般是國家設定的帶有一定的公益性質的機構，但不屬於政府機構。

事業單位是指由國家行政機關舉辦，受國家行政機關領導，沒有生產收入、所需經費由公共財政支出、不實行經濟核算、主要提供教育、科技、文化、衛生等活動非物質生產和勞務服務的社會公共組織，事業單位接受政府領導，是表現形式為組織或機構的法人實體。

起付線俗稱“門檻費”，是指新型農村合作醫療基金對參合農民進行補償時計算補償費的起點，在起付線以上的費用才按比例報銷，在這一點以下的費用由參合農民自己支付。

設定起付線主要是將資金補助的重點放在對大病患者的補助；同時，也可以排除將門診費用當作住院費用報銷的情況，因此起付線設定較門診平均費用略高。

另一方面為引導病人儘可能選擇在基層醫療機構住院，不同級別醫院設定不同的起付線，如將鄉鎮衛生院住院起付線定為150元，縣級醫院定為300元，縣外醫院定為1500元，使不同病情患者選擇不同級別的醫院。