申請專利的話，需要公開你的配方（專利的實質就是以公開換保護，國家智慧財產權局在授予你專利證書的同時需要在專利刊物上公佈你的配方，看看是否有人反對，如果有人拿出證據證明你的配方他們早已運用，或者在古書上早有記載，那你的配方就不能授予專利），給你授權書以後，藥廠雖然知道你的配方，但是沒有授權是沒有人敢用的你配方進行生產經營的（當然也有僥倖和大膽的，但是一旦查出那是要賠償你的損失的，但是藥是不可能偷偷拿你的配方生產的，因為需要向國家藥監局審批，當然也需要提供配方了）。

同時，即使你的配方有藥廠想要生產，也必須經過國家藥監局的審批（審批的步驟非常複雜，需要廠家花大量的錢去國家指定的醫院和實驗室進行試驗，得出的實驗資料之後，才有可能得到國家藥監局的批准）。

當然，申請專利，需要找專利代理所幫忙申請，這樣做的好處有很多，這也是國家鼓勵的，高水平的代理所，能把你的專利保護範圍最大化，而且能夠使別人不能輕易知道你專利配方，也就是說進行一定的隱藏處理。

而且也能夠使你的專利授權率更高，由於個人不懂專利申請，很容易出現專利保護範圍很小（等於把自己的專利告訴別人了，又沒有起到保護作用），而且專利申請書不符合規定而導致不能授權的情況出現非常嚴重（只要你提交了申請書，即使最後不能授權，也要公開你的申請書內容的，那樣也會導致你的秘方洩露），我是負責藥廠專利申請的，有什麼不懂可以諮詢。

現在國家鼓勵申請專利，即使找專業人士幫忙申請，也基本上不用自己花錢，政府的減免和獎勵都超過申請費用了。