秦始皇設立“三公九卿”制度，為封建專制主義中央集權國家制度的建立創造了雛形，對以後的歷代封建王朝的建立，有著重要的影響。

三公

丞相，政府最高行政長官，有一個秘書處十三曹，下轄九卿。

太尉，最高軍政長官，負責管理全國軍事事務，掌握軍權，戰時聽從皇帝的命令，可憑皇帝的符節調動軍隊。

御史大夫，主要管理記事，其地位相當於副丞相，地位低於丞相和太尉，丞相和太尉品秩為一萬石，御史大夫品秩為二千石。主要職責是管理圖籍、奏章，監察文武百官。御史大夫下設御史中丞；侍御史，彈劾中央和皇宮一切事；監御史，中央派到地方各郡負責監督郡守的御史。

九卿

九卿是指古時中央政府的多個高階官員，指官位很高的人。秦漢時期的卿，不一定是九個人，九卿言其官職完備。

奉常，掌管宗廟禮儀，地位很高，屬九卿之首；

郎中令，掌管宮殿警衛；

衛尉，掌管宮門警衛；

太僕，掌管宮廷御馬和國家馬政；

廷尉，掌管司法審判；

典客，掌管外交和民族事務；

宗正，掌管皇族、宗室事務；

治粟內史，掌管租稅錢穀和財政收支；

少府，掌管專供皇室需用的山海池澤之稅及官府手工業。

三公九卿制度的基本結構從秦朝一直沿用到兩晉，直至隋文帝創三省六部制。從三省六部制的結構上來看，也無處不有著三公九卿制結構的影子。此後，一直到明代，明太祖朱元璋廢掉中書省、尚書省及門下省，六部直接對皇帝負責，中國古代歷史中的中央官制三級制度才算壽終正寢。三公九卿這一制度沿用約達800年，並從結構上影響三省六部制，並左右中國古代中央官制約達700年。可以說，三公九卿制，上承夏商周，下接隋唐宋元，在中國歷史上留下了濃重的一筆。