神舟13號由軌道艙，返回艙和推進艙以及一個附加段組成。採用的是典型的“三艙一段”式結構。

整個飛船按照功能還能分為13個不同的分系統。它們是：有效載荷、結構與機構、熱控制、指導導航與控制、推進、電源、資料管理、測控與通訊、環境控制與生命保障、乘員、回收與著陸、儀表與照明和應急救生分系統。

神舟十三號載人飛船實現多個首次，即首次與三艙組合體自主快速徑向交會對接，首次長期在軌停靠6個月，實現4個載人航天器形成組合體長期在軌飛行。中國航天科技集團八院承擔神舟十三號的電源分系統、對接機構分系統、推進艙結構與總裝、測控通訊子系統、總體電路分系統推進艙電纜網及三艙配電器；首次與49噸級的空間站組合體自主快速徑向交會對接。

神舟十三號將是中國“神舟”號系列飛船的第十三次任務，也是中國載人航天的第八次任務，將於2021年10月16日在酒泉衛星發射中心使用長征二號F運載火箭發射，計劃把三名航天員送到天宮號空間站，並將在軌駐留6個月。此後，6個月的駐留就是航天員乘組在軌的常態。