它的上游段奔騰在熱帶高原上，水流湍急，水量豐富，具有山地河流特性；中游段則緩慢地迂迴在蘇丹廣闊的平原上，由於沼澤密佈，加上水生植物叢集壅塞，使尼羅河在這裡分汊漫流，在強烈的蒸發下水量損失很大；在蘇丹首都喀士穆城下，尼羅河接納了它的最大支流青尼羅河，聲勢大振，然後在撒哈拉大沙漠無垠的黃沙中浩浩蕩蕩地奔流了3000多公里，沿途衝下6道瀑布，最後在河口沖積成面積廣達2.4萬平方公里的巨大三角洲。

白尼羅河和青尼羅河匯合後稱為尼羅河，屬下游河段，長約3000公里。

尼羅河穿過撒哈拉沙漠，在開羅以北進入河口三角洲，在三角洲上分成東、西兩支注入地中海。尼羅河下游流域面積減少的原因： 尼羅河在下游流域因自然帶由熱帶稀樹草原過渡為半荒漠，年平均降雨量從946毫米減至167毫米，地形比降度極緩，沼澤廣泛分佈，蒸發消耗大，沼澤失水嚴重。

撒哈拉沙漠地下有一個儲量頗豐的地下水庫,貯水量相當於尼羅河12年入海總水量。沼澤地的形成主要是地下水作用的結果，和第四紀沉積物的特徵相關。當第四紀沉積物為泥質、泥沙質沉積物時，又有大量的地下水往上冒或噴出作用的地區（這些第四紀沉積物還沒有固結成巖），沙土容易液化，就形成了沼澤地，促使人或物容易下沉，這也就是曾經發現過大象等其他動物完整化石的途徑之一。