主要是分工負責管理幹部的範圍有所區別。如果是縣委組織部所設立的幹部一科和幹部二科，在負責管理幹部範圍的分工上，一科是分工管理縣直機關幹部的，二科是分工管理鄉鎮機關幹部的。

一、分工不同

1、幹部一科：一科是分工管理縣直機關幹部的。

2、幹部二科：二科是分工管理鄉鎮機關幹部的。

二、職責不同

1、幹部一科：組織指導幹部人事制度改革；負責市直單位科級幹部職務任免的組織考察、稽核，並辦理相關手續。

2、幹部二科：負責提交市委常委會幹部任免議題，稽核辦理相關手續；調研、瞭解市管領導班子執行及幹部政策的執行情況。

三、負責工作級別不同

1、幹部一科：通常是負責全市縣處級工作任務。

2、幹部二科：通常是負責縣處級工作任務。

幹部一科和幹部二科的區別在於分管的任務不同。這屬於組織人事部門內部的分工，而並非法定的分工。

依據管理幹部的數量，內部就管理任務進行了分工，比如一科負責管理正科以下的幹部，二科負責管理縣處級幹部或者是，一科負責幹部的使用考察，二科負責在職教育培訓。