康熙王朝朱三太子叛亂是二十二集。康熙懷疑宮內有楊起隆亂黨臥底，小毛子混入亂黨臥底。孝莊皇太后要康熙振作起來，楊起隆亂黨闖入宮內，宮內太監造反，與朝廷將士激戰，威脅康熙與孝莊皇太后的安全。索額圖請求康熙與孝莊皇太后暫避，孝莊皇太后臨危不亂，聲稱平三藩是她的旨意，康熙只是遵旨行事，只要君臣同心，清廷必將永遠不敗。朝廷官兵與楊起隆亂黨展開激戰，亂黨不敵，楊起隆欲自盡，被下屬勸阻逃走。

第41集 　　康熙整頓吏治，令大臣上奏彈劾違君之臣。

康熙把彈劾明珠等朋黨的奏章推到他們面前，恩威並施。康熙令李光地也上奏章，並令其對兩封匿名彈劾索額圖勾結朱三太子密謀炮轟康熙與胤曾被葛爾丹捕獲的奏章進行清查。索額圖《尼布楚條約》談判成功，李光地燒掉了彈劾他的奏章。明珠六十大壽，眾臣前來賀喜，李光地前來傳達康熙聖旨，呈上康熙題詞，並宣讀自己彈劾明珠的奏章。康熙斥責索額圖結黨營私，並稱是因《尼布楚條約》談判成功才保他。

第41集 　　康熙整頓吏治，令大臣上奏彈劾違君之臣。

康熙把彈劾明珠等朋黨的奏章推到他們面前，恩威並施。康熙令李光地也上奏章，並令其對兩封匿名彈劾索額圖勾結朱三太子密謀炮轟康熙與胤曾被葛爾丹捕獲的奏章進行清查。索額圖《尼布楚條約》談判成功，李光地燒掉了彈劾他的奏章。明珠六十大壽，眾臣前來賀喜，李光地前來傳達康熙聖旨，呈上康熙題詞，並宣讀自己彈劾明珠的奏章。康熙斥責索額圖結黨營私，並稱是因《尼布楚條約》談判成功才保他。

康熙王朝中朱三太子的妹妹紫雲在第19集出現。

朱國治向吳三桂傳達朝廷同意撤藩所用錢糧額度奏摺，吳三桂交出平西大印，並稱履約撤藩日期。吳三桂去信吳應熊，叫他離京回滇。吳應熊決定暫不離京，以麻痺康熙，並與楊起隆相見，捐錢資助楊起隆起事。雲南奏摺到京，稱撤藩日期已定，康熙大悅，向孝莊皇太后報喜。黃敬向康熙吹說煙花之處眠月樓如何香豔，康熙微服前往，魏東亭在近處侍衛。鴇母叫來頭牌名妓紫雲給康熙翩翩起舞，頗吸引康熙。周培公宮廷內遍尋康熙不著，萬分著急，率兵來到街上，碰到太監小毛子，得知康熙在眠月樓。康熙對紫雲頗有好感。吳應熊向楊起隆點明應謀殺康熙，楊起隆稱在康熙身邊安插了許多密探太監，並說可以利用自己的妹妹紫雲謀殺康熙。