書院的職事和組織系統由山長（或稱院長、洞主、教授，是書院教學管理的主持人）、堂長（或書院主持人山長的別稱，或在山長下協助山長管理和教學工作，或從生徒中選任責督課堂記錄蒐集諸生疑難問題）、學長（或相當於某門學科的教職，或主管書院教務行政的負責人，或書院主要管理學生學業和行止等的生徒首領）、會長（從諸生中選出學行老成成績優異者充任，負責協助山長評閱考課試卷）、齋長（由山長在諸生優異者中選出，協助山長從事教學、行政、日常生活的管理工作）講書（主要負責書院經書講解）、經長（由山長從生徒中精選取熟悉經籍者擔任，負責為生徒解析疑文）、監院（一種地位次於山長的書院職事，主要職責是負責書院的行政、財務，以及稽察學生品行等工作）、首先（一種管理書院的職事）掌祠（書院內掌祭祀活動的職事）、掌書（書院內管理圖書的職事，負責圖書的保管和借閱）以及書辦（掌管書院各種卷宗、檔案的職事）等組成。

“山長”，其實就是書院的負責人，相當於我們今天所說的校長，位高權重，是書院的核心人物。

梁章鉅在他的《退庵筆記》中就這樣定義山長：“掌書院講習者謂之山長。山長亦稱院長，亦稱山主。”山長的稱號，充滿了野性和對官府的反叛，這與早期書院倡導的自由精神，是一致的。

它的由來，也要追溯到唐代。不過，真正固定下來，則是到了宋代。