病原微生物分類是指按病原微生物的傳染性及感染後對個體或群體的危害程度來劃分，共分為四類，其中第一、二類為高致病性的病原微生物

第一類、使人或動物發生非常嚴重疾病的微生物，以及中國尚未發現或已消滅的微生物，如鼠疫耶爾森菌、霍亂弧菌、天花病毒、黃熱病毒、新疆出血熱病毒、拉沙熱病毒、埃博拉病毒等。

第二類、使人或動物發生嚴重疾病，較易在人與人、人與動物、動物與動物間傳播的微生物，如布魯菌、炭疽芽孢菌、肉毒梭菌、麻風桿菌、結核桿菌、狂犬病病毒、森林腦炎病毒、流行性出血熱病毒、各種立克次體等。

第三類、能引起人或動物發生疾病，但一般不構成嚴重危害，傳播風險有限，實驗室感染後很少引起嚴重疾病，具有有效治療和預防措施的微生物，如腦膜炎奈瑟氏菌、肺炎雙球菌、葡萄狀球菌、鏈球菌、淋病奈瑟氏菌等。

第四類、通常不會引起人或動物發生疾病的微生物，如生物製品、菌苗、疫苗生產用的各種減毒、弱毒菌種及不屬於上述一、二、三類的各種低致病性的微生物菌種。