綠藻指是藻類名稱，藍細菌指的是菌類名稱。

生物種類不同 綠藻是真核生物，而藍藻是原核生物。

2.

繁殖方法不同 綠藻是無性生殖和有性生殖，而藍藻是營養繁殖或產生孢子以無性繁殖。

3.

細胞核不同 綠藻具有成型的細胞核，而藍藻不具有成型的細胞核。

4.

所含成分不同 綠藻有細胞核和葉綠體，還有色素、貯藏養分及細胞壁的成分。 

一、葉綠素不同

1、綠藻：色素中以葉綠素a和b最多，還有葉黃素和胡蘿蔔素，故呈綠色。

2、藍藻：含葉綠素a，不含葉綠素b。

二、生長環境不同

1、綠藻：綠藻多見於淡水，常附著於沉水的岩石和木頭，或漂浮在死水錶面；也有生活於土壤或海水中的種類，浮游種類是水生動物的食物或氧的來源。

2、藍藻：有些藍藻可生活在60～85℃的溫泉中；有些種類和菌、苔蘚、蕨類和裸子植物共生；有些還可穿入鈣質岩石或介殼中(如穿鈣藻類)或土壤深層中（如土壤藍藻）。

三、價值不同

1、綠藻：綠藻在植物進化的研究中也很重要；據認為單細胞的衣藻與陸地植物的祖先相似，貯藏的營養物質主要為澱粉和油類。

2、藍藻：有不少藍藻（如魚腥藻）可以直接固定大氣中的氮（原因：含有固氮酶，可直接進行生物固氮），以提高土壤肥力，使作物增產。還有的藍藻為人們的食品，如著名的髮菜和普通念珠藻（地木耳）、螺旋藻等。

綠藻可以無性繁殖，也可以無性繁殖。藍藻與二元裂變，碎裂或孢子產生的過程無性繁殖。他們沒有鞭毛，因此缺乏活動能力。

藍細菌沒有葉綠體。藍細菌的細胞結構比較簡單，沒有核膜和核仁，只有擬核，雖然它有葉綠素和藻藍素，但不含葉綠體。藍細菌主要以二分裂或多分裂的方式進行繁殖，少數藍細菌可變成孢子，由於孢子壁厚，所以它能抵抗不良環境。