PCR反應中緩衝液是一個重要的影響因素，特別是其中的Mg2+能影響反應的特異性和擴增片段的產率。目前最為常用的緩衝體係為l0～50mmol／L的Tris—HCl(pH8．2～8．3，20℃)，PCR標準緩衝液含有10mmol／L的Tris—HCl(pH8．3)、50mmol／L的KCl、1．5mmol／L的Mg2+、0.1g／L的明膠。在一般的PCR反應中，1．5～2．0μmol／L Mg2+是比較合適的(對應dNTP濃度為200μmol／L左右)。Mg2+過量能增加非特異擴增並影響產率。
現在認為限制KCl和明膠的用量值得提倡，尤其是BSA，雖其對酶有一定保護性，如果質量不好將起相反的作用，建議使用乙醯化的BSA。KCl在50mmol／L時能促進引物退火，大於此濃度時將會抑制聚合酶的活性。有的反應液以氯化銨或醋酸銨中的NH+才代替K+，其濃度為16．6mmol／L。
在PCR中使用10～50mmol／L Tris HCl，主要靠其調節pH使Taq DNA聚合酶的作用環境維持偏鹼性。Tris緩衝液是一種雙極化離子緩衝液，pKa為8．3(20℃)，△pKa為一0.021／℃。
在反應體系中加入適量(10％)的二甲基亞碸(DMSO)，雖然DMSO對聚合酶活性有一定抑制作用，但它可減少模板二級結構，提高PCR反應特異性。有報道指出甲醯胺或氯化四甲基銨(TMAC)均可提高反應特異性，而對酶活性沒有明顯影響。
PCR標準緩衝液對大多數模板DNA及引物都是適用的，但對某一特定模板和引物的組合，標準緩衝液並不一定就是最佳條件，因此各實驗室可在此條件上，根據具體擴增專案進行改進。其中Mg2+濃度對擴增作用的特異性和產量有明顯影響。Taq酶是一種Mg2+依賴酶，Mg2+濃度一般為1．5mmol／L左右，Mg2+濃度過低時，酶活力明顯降低；過高時，酶可催化非特異性擴增。由於反應體系中的DNA模板、引物和dNTP都可能與Mg2+結合，因此降低了Mg2+的實際濃度。所以建議反應中Mg2+用量至少要比dNTP濃度高O．5～1．0mmol／L。
PCR反應中緩衝液是一個重要的影響因素，特別是其中的Mg2+能影響反應的特異性和擴增片段的產率。目前最為常用的緩衝體係為l0～50mmol／L的Tris—HCl(pH8．2～8．3，20℃)，PCR標準緩衝液含有10mmol／L的Tris—HCl(pH8．3)、50mmol／L的KCl、1．5mmol／L的Mg2+、0.1g／L的明膠。在一般的PCR反應中，1．5～2．0μmol／L Mg2+是比較合適的(對應dNTP濃度為200μmol／L左右)。Mg2+過量能增加非特異擴增並影響產率。
現在認為限制KCl和明膠的用量值得提倡，尤其是BSA，雖其對酶有一定保護性，如果質量不好將起相反的作用，建議使用乙醯化的BSA。KCl在50mmol／L時能促進引物退火，大於此濃度時將會抑制聚合酶的活性。有的反應液以氯化銨或醋酸銨中的NH+才代替K+，其濃度為16．6mmol／L。
在PCR中使用10～50mmol／L Tris HCl，主要靠其調節pH使Taq DNA聚合酶的作用環境維持偏鹼性。Tris緩衝液是一種雙極化離子緩衝液，pKa為8．3(20℃)，△pKa為一0.021／℃。
在反應體系中加入適量(10％)的二甲基亞碸(DMSO)，雖然DMSO對聚合酶活性有一定抑制作用，但它可減少模板二級結構，提高PCR反應特異性。有報道指出甲醯胺或氯化四甲基銨(TMAC)均可提高反應特異性，而對酶活性沒有明顯影響。
PCR標準緩衝液對大多數模板DNA及引物都是適用的，但對某一特定模板和引物的組合，標準緩衝液並不一定就是最佳條件，因此各實驗室可在此條件上，根據具體擴增專案進行改進。其中Mg2+濃度對擴增作用的特異性和產量有明顯影響。Taq酶是一種Mg2+依賴酶，Mg2+濃度一般為1．5mmol／L左右，Mg2+濃度過低時，酶活力明顯降低；過高時，酶可催化非特異性擴增。由於反應體系中的DNA模板、引物和dNTP都可能與Mg2+結合，因此降低了Mg2+的實際濃度。所以建議反應中Mg2+用量至少要比dNTP濃度高O．5～1．0mmol／L。