草龜換甲不明顯，換甲時會一小塊一小塊地蛻去。換甲是指舊的甲殼脫落、新的甲殼生長顯現的過程，通常是代表著龜的成長。肉眼可見，似白色（或淡淡奶油黃色）半透明的膠狀物，且有原甲殼的紋理，有的覆蓋在龜甲上，有的在水中漂浮著。

草龜換殼的時間不固定，從幾天到3個月不等，一般體質較好、食物充足的草龜換殼的時間都會比較快，大概幾天或十幾天就會完成換殼。體型較差的草龜換殼的時間就會長一些，但最長不會超過3個月。

草龜換殼與巴西龜不同，巴西龜換殼是大面積的脫落，而草龜換殼是從背甲的邊緣，慢慢的脫落。草龜換殼時飼養者需要及時給它們補充營養，尤其是鈣質。飼養者可以喂一些雞蛋殼等含鈣量較高的食物，換殼成功後也要加強保護，因為剛換殼後的草龜是比較脆弱的，需要更多的營養補充。

草龜會換殼，它們在幼年時期換殼的頻率是最高的。因為它們的體型生長了到背甲無法覆蓋住的程度。

幼年的草龜體型增長速度是最快的，一般一年換一次殼。成年以後換殼的時間就不會固定了，但是在換殼之前它們都會出現食慾大增等徵兆。

草龜受傷後也會出現換殼的情況，但不會整個背甲都換，一般都是隻換受傷的地方，此時飼養者需要注意殺菌消毒，避免再次感染。