東晉政區隨其疆域的變化而有增減。由於外族入侵與晉軍北伐，北疆時常變動；四川先後出現成漢、譙蜀等國；東南疆域大致固定。晉元帝時期，石勒入侵，北疆只剩淮南江陵一帶。成漢佔據四川，於347年被桓溫滅。桓溫發動三次北伐，一度收復山東及河南地區，後敗於前燕而止。

前秦屢次入侵東晉領土，此時東晉僅剩揚、荊、江、廣、交、豫、徐、兗、益、寧七州，及兗、青、冀、司、幽、並、益等僑州，共十五州。383年淝水之戰，前秦慘敗。隔年謝玄北伐，成功收復黃河、秦嶺以南地區。之後東晉內亂，桓玄篡位，譙蜀獨立，疆域萎縮。劉裕崛起後攻滅譙蜀並發動兩次北伐，收復四川、山東、河南及關中地區。然而劉裕因故返京，將領內亂，夏人入侵，關中得而復失。此時東晉領有揚、北徐、豫、江、北青、司、荊、北雍、東益、寧、交、廣、北並、北冀、梁、徐、北兗等十七州，及幽、冀、東秦、青、並、兗、秦、雍等僑州，共二十五州。

東晉，317年，開國帝王司馬睿，都城建康（今南京）。

東晉（317年～420年），是由西晉皇族司馬睿南遷後建立起來的王朝。此外，史書中又仿東漢稱中漢，稱東晉為中晉，寓以晉室中興之意；又東晉統治地區大部分在江東，古稱江左，因此以江左代指東晉。

東晉是門閥士族政治，與北方的五胡十六國並存，這一歷史時期又稱東晉十六國。東晉時代，也曾經內部四分五裂。東晉與之前的孫吳以及其後的宋、齊、梁、陳，合稱為六朝。

東晉曾多次試圖北伐，但由於內部不團結，除了最後篡晉的劉裕取得一定成果外，其餘都無建樹。祖逖本有希望恢復舊土，但他被司馬睿挾制，鬱鬱而終。桓溫的北伐則先後被苻雄、慕容垂擊敗。太元八年（383年），前秦天王苻堅率兵南侵，東晉宰相謝安力主抗擊，派謝石、謝玄率軍，在淝水之戰大獲全勝，苻堅隻身逃回北方，南北分立之勢從此而成。後有桓玄叛亂，廢安帝，自立為天子，後為大將劉裕所平，擁恭帝，然大權落裕。

元熙二年（420年），宋公劉裕廢除晉恭帝，建立劉宋，東晉滅亡，中國歷史進入南北朝時期。