龜馱碑的故事起源於陳宣帝年間，當時北方為北周，北周武帝滅佛時，齊地海曲慧聞禪師被迫從海上南下，遇到大風浪，船沉海底。這時有一隻神龜將慧聞等人駝到江寧（現在的南京）。

慧聞向神龜道謝時，神龜說:"師父不認識我了，我就是海曲（今日照）石樑溪放生池裡的老龜。這時慧聞才恍然大悟。原來慧聞在海曲曾買下石樑溪作為放生池。

後來慧聞將這個故事講給陳宣帝聽，陳宣帝很感動，就下詔建報恩寺，併為此立碑。

石碑由龜揹負，既是對神龜報恩的詮釋，也取其天長地久之意

龜馱碑的龜不是龜，是龍生九子之一，霸下，又名贔屓，形似龜。是老六，平生好負重，力大無窮，霸下有一排牙齒，霸下和龜類在背甲上甲片的數目和形狀也有差異。霸下又稱石龜，是長壽和吉祥的象徵。它總是吃力地向前昂著頭，四隻腳拼命地撐著，掙扎著向前走，但總是移不開步。中國一些顯赫石碑的基座都由霸下馱著，在碑林和一些古蹟勝地中都可以看到。

龜是表示長壽的物種，說明這塊碑非常重要，需要千秋萬代傳承下去。