孢子是生殖細胞，而種子是器官。前者屬於“細胞”層次，後者是“器官”層次。孢子只是一個細胞，小而輕，只有落在適宜的環境中才能萌發，否則很快死亡。而種子，外面有種皮保護，種皮內有胚（由胚芽、胚軸、胚根和子葉構成），子葉可以提供胚萌發所需要的營養物質。種子的生命力比孢子強。

孢子生殖指由母體產生出沒有性別分化的孢子，這種繁殖細胞不經過兩兩結合，每個孢子能直接發育成新個體的生殖方式。特點：有胞子分裂生殖是由一個親代分裂為兩個大小相近的子代，使個體數增加的生殖方式。營養生殖由高等植物的根、莖、葉等營養器官發育成新個體的生殖方式。

種子生殖是指成熟的種子胚珠，有一個小的胚胎植物，包裹在稱為種皮的覆蓋物中。受精後發育成種子的是存在於子房中的胚珠。種子基本上由胚、胚乳和種皮三部分組成，但有些種子沒有胚乳。

種子植物以種子繁殖，包括裸子植物和被子植物兩大類

孢子植物以孢子繁殖，包括藻類植物、苔蘚植物、蕨類植物等幾大類

孢子植物不會產生種子，是透過產生孢子這樣的生殖細胞繁殖；被子植物就是透過種子繁殖，並且種子被果皮之類的東西包裹保護；裸子植物就是種子沒有保護的植物。

種子植物的繁殖方式屬於有性生殖。透過雄蕊提供的精子和胚珠提供的卵細胞結合行成受精卵，再由受精卵發育成新個體。