活性汙泥的微生物由分解有機物的細菌、原生動物、後生動物組成，活性汙泥中的細菌主要有菌膠團細菌及其絲狀真菌，它們構成了活性汙泥的骨架。微型生物附著生長於其上或遨遊在其間，因為曝氣池經常處於激烈攪拌狀態，所以對於大型生物的生育是非常不利的。

對活性汙泥絮凝體形成菌進行了大量的試驗與研究工作，判定出有多種細菌具有促進活性汙泥絮凝體形成的功能，如屬於動膠屬的生枝動膠菌、蠟狀芽孢桿菌、黃桿菌屬、放線形諾卡氏菌、中間埃希氏菌、假單胞菌屬、酵母菌及其原生動物，能分泌出具有粘著性的膠體物質，不僅使細菌互相粘接形成菌膠團，並對微小顆粒及其可溶性有機物也有吸附與粘接作用，並進一步促進活性汙泥絮凝體的形成。

活性汙泥絮凝體中佔優勢的是生枝動膠菌、蠟狀芽孢桿菌、黃桿菌屬、放線形諾卡氏菌、中間埃希氏菌等菌屬。

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由於藕對淤泥的耐肥性，這種腐爛淤泥的池塘最適合藕的有利生長，首選種植為藕：一次性投資藕種，主家終生收益；由於淤泥的水肥性，並不適合養所有魚類生存，對於泥鰍黃鱔鯽魚這些，耐淤肥類的魚，可以和藕一起養殖。在挖藕的同時，順道捉魚，兩全其美。