最大區別，配子體細胞均為單倍，孢子體為雙倍。剩下的依據不同的植物型別有太多的區別。我所知的裸子植物和被子植物配子體均已經不能獨立生存，而蕨類配子體可以獨立生存。前面這些植物在世代交替中都是孢子體優勢的。苔蘚是配子體優勢的。

沒有果實，之所以叫裸子植物，就是因為它的種子外沒有果皮，是裸露的種子，所以裸子植物是有種子沒果實。 種子裸露於種鱗之上，或多少被變態大孢子葉發育的假種皮所包，其胚由雌配子體的卵細胞受精而成，胚乳由雌配子體的其他部分發育而成，種皮由珠被髮育而成；胚具兩枚或多枚子葉。 裸子植物為多年生木本植物，大多為單軸分枝的高大喬木，少為灌木，稀為藤本；次生木質部幾全由管胞組成，稀具導管。葉多為線形、針形或鱗形，稀為羽狀全裂、扇形、闊葉形、帶狀或膜質鞘狀。

繁殖器官的結構和生殖過程的特點，給予了它適應、抵禦各種不良環境的內在條件，使它在生存競爭、自然選擇的矛盾鬥爭過程中不斷產生新的變異，產生新的物種，而在地球上佔絕對優勢。