進入火箭隊倉庫必須輸入兩個密碼。第一個密碼“多多少少，少少多多”能從燈火山的一個火箭隊隊員處得知，第二個密碼“大大小小，小小大大”能在點之穴從澄夫處得知。火箭隊的研究員澄夫：他偷走了藍寶石，會守在點之穴門口，直到主角在凍瀑洞窟擊敗了那裡的三名火箭隊隊員。走之前告訴主角另一個密碼。流程：五之島前往火箭隊倉庫，由於沒有密碼無法進入。五之島西側島嶼的老爺爺會給予蛋。前往不歸之穴，與秋穗對戰後他會回到高階度假村，給她看正確的神奇寶貝，她會隨機送出一份禮物。前往六之島。六之島透過水之步道和綠之步道前往記號樹林，穿過記號樹林可以到達外島的變化洞窟，在有E卡刷卡器的情況下在這裡可以捕捉E卡的神奇寶貝，在有官方配信的情況下這裡可以捕獲配信的神奇寶貝透過遺蹟山谷前往點之穴。點之穴最底層藍寶石被火箭隊研究院澄夫搶走，獲得火箭隊倉庫的密碼。返回五之島，進入火箭隊倉庫。

攻擊是物理攻擊葉綠是按屬性分攻擊類屬性分為普通，地，巖，鋼，毒，蟲，幽靈，飛，格鬥。特攻分為超能，火，水，草，冰，龍，惡，電。共17種屬性。