反相還是正相，是根據流動相相對於固定相的極性而言的。 流動相極性強於固定相的，稱作反相色譜；流動相極性弱於固定相的，稱作正相色譜。 　　反相色譜流動相的極性強，容易帶著極性分子走，而留下非極性分子。這主要用於非極性樣品的分離。常用的高壓液相色譜都是這種，也有人喜歡說反相液相色譜，其實是一個意思，就是顯得博學一點。　　正相色譜固定相極性強，容易把極性分子留下，故主要用於極性樣品的分離。如離子色譜。 　　實際應用好像沒有太注意正相還是反相，倒是都很注意柱子能承受什麼樣極性的物質。反相液相色譜柱不可以用強極性的純水，都是要加入至少5%的有機溶劑來弱化水的極性。 正相的離子色譜柱則堅決不可以進入有機物質。但是氣相色譜實際也是一種正相色譜，卻往往要求不可以有水進入。

正相色譜柱與反相色譜柱的區別

本質上是填料(固定相)的不同,正相色譜柱填料極性強,洗脫順序由弱到強；反相色譜柱填料極性弱，洗脫順序由強到弱。以下是詳細說明：

1、正相色譜正相色譜用的固定相通常為矽膠（Silica）以及其他具有極性官能團胺基團，如（NH2，APS）和氰基團（CN，CPS）的鍵合相填料。

由於矽膠表面的矽羥基（SiOH）或其他極性基團極性較強，因此，分離的次序是依據樣品中各組分的極性大小，即極性較弱的組份最先被沖洗出色譜柱。正相色譜使用的流動相極性相對比固定相低，如正已烷（Hexane），氯仿（Chloroform），二氯甲烷（Methylene Chloride）等。

2、反向色譜反向色譜用的填料常是以矽膠為基質，表面鍵合有極性相對較弱官能團的鍵合相。反向色譜所使用的流動相極性較強，通常為水、緩衝液與甲醇、乙腈等的混合物。樣品流出色譜柱的順序是極性較強的組分最先被沖洗出，而極性弱的組分會在色譜柱上有更強的保留。

常用的反向填料有：C18（ODS）、C8（MOS）、C4（Butyl）、C6H5（Phenyl）等