鄭士元不是被朱元璋殺的，是年老無錢治病，病死的。

朱元璋沒有殺鄭士元。鄭士元任期中，糾彈了不少貪官汙吏，其中包括皇侄朱桓的重大集體貪汙案件。由於朱桓的父親對朱元璋曾有救命之恩，所以朱元璋想免去他的死罪，但鄭士元據理力爭，朱元璋欽佩於他的剛正，後處死朱桓。

鄭士元，又稱鄭士原，字好仁，台州路寧海縣水車（今浙江省寧海縣）人。明初清官。有才學，洪武四年（1371年）中進士，後升為湖廣按察使僉事，其遏制荊、襄卒搶劫民女的事件，並對抗禦史臺讞上的冤情。後因空印案連坐而下獄。出獄後，因其弟鄭士利上言解釋空印案，而被輸作江浦。

《洪武大案》第6集鄭士元從懲貪大局著想，不贊同對朱桓從輕處罰，冒死進諫“若皇親國戚便法外施恩，則將失信於民，久而久之，法將不法”，結果激怒朱元璋，被判處斬首。

鄭士元從懲貪大局著想，不贊同對朱桓從輕處罰，冒死進諫“若皇親國戚便法外施恩，則將失信於民，久而久之，法將不法”，結果激怒朱元璋，被判處斬首。