古劍奇譚1和2是沒有關聯的。古劍奇譚2講述了少年樂無異因機緣離家踏上偃術修行之旅，在此期間邂逅了百草谷天罡戰士聞人羽、太華山弟子夏夷則、身世神秘的少女阿阮等夥伴而展開的一段傳奇故事。古劍奇譚1講述了烏蒙靈谷的少年韓云溪揹負著滅族慘禍，失去記憶改名為百里屠蘇，而後遇到風晴雪、歐陽少恭、方蘭生等人展開一系列傳奇故事。

大多劇情是一樣的，只是又著重描寫了其他的配角，比如方家二姐，和黑耀以及那個被變了性別的茶小乖，黑耀在遊戲原作中只是一個在江都邊的支線任務，遊戲中也沒有有冒充巽芳的情節，遊戲除了以後也有古劍的原本小說，可惜，相較於電視劇，我還是覺得遊戲的劇情會更好，總會在不經意之間讓人有更多的感動。電視劇也很好的還原了遊戲中的音樂，讓一開始覺得這麼一部好遊戲被拍成電視劇很難接受的人來說，也很有韻味和一些小感動。

盛唐時期，紫胤真人徒弟百里屠蘇體內有一股神秘煞氣，靠焚寂劍壓制。他在翻雲寨殺盜匪時結識了歐陽少恭和方蘭生。少恭乃青玉壇弟子，長老雷嚴篡位，少恭出逃後找尋“玉衡”下落。

因少恭正煉製起死回生丹藥，屠蘇覺得有望救醒母親，便於少恭同行。找尋玉衡的途中，屠蘇結識風晴雪和化身人形的狐狸襄鈴。紅玉受紫胤真人派遣，暗中保護屠蘇，多次化解危難。

少恭煉成丹藥，屠蘇的母親也醒轉過來，至此屠蘇才得知母親被歐陽少恭所害。雷嚴派人抓走少恭，並唆使其共謀大業。少恭一邊利用雷嚴的信任研製毒藥殺死雷嚴，一邊卻暗中計劃利用玉橫制服屠蘇，以恢復蓬萊事業。

方蘭生髮現少恭的陰謀，屠蘇解除封印，與眾人去蓬萊與少恭對決，少恭被殺。最後，方蘭生、紅玉等人各自找到歸宿，屠蘇也與風晴雪結為連理。