在2004年的一項實驗中失蹤，以“實驗失敗，死亡”作結。然而事實上實驗成功了，她完全達成了她的目標，併成功將自己的靈魂轉移到永生不死的EVA初號機中（這也解釋了為何初號機與碇真嗣有著不尋常的極高同步率），成為了接近神的存在。其目的是，“人類只能活在地球上，但EVA卻能長存於宇宙中。五十億年以後，地球、月球、太陽都毀滅以後，EVA仍然會生存著。會非常孤獨吧？但，只要還有一個人活著，這就是人類曾經在宇宙中存在過的永恆證明。”她也特別安排兒子真嗣來到現場，見證她以人類形態存在的最後一面。但真嗣並不知情，自始至終都以為母親“死了”，知道真相的只有碇源堂和冬月兩人。

碇源堂為了自己主導補完計劃，讓自己轉化到與碇唯相同的境界——神的存在，並在第三次衝擊後的新世界與她相見，而取碇唯的基因製造了克隆人綾波零，想自己與初號機融合。可以說碇源堂參與SEELE，加入NERV等種種行動的最終動機，就是為了再見碇唯。

在《EVA新劇場版：Q 》中原名綾波唯，與碇源堂結婚後隨夫改姓碇。而在TV的設定中，碇唯本姓即是碇，六分儀源堂入贅改姓碇。