因為微生可以分解有機物。

(1) 好氧微生物處理，在氧氣充足的條件下，微生物透過有氧呼吸作用將有機物分解。

(2) 厭氧微生物處理，在厭氧條件下，厭氧菌透過無氧呼吸或發酵作用分解有機物，有機物最終被轉化為甲烷、二氧化碳、水及少量硫化氫和氨。

(3) 微生物兼氧處理當好氧和厭氧在同一處理工藝中共存時即為兼氧處理，有時好氧和厭氧的共存反而會使處理效果更好，其中好氧菌起主體作用，但沒有厭氧菌及少量的兼氧性菌種也不可能達到預期的處理效果。

汙水處理菌種能夠避免化學處理法產生的二次汙染，減少汙水產生量，改善汙水的水質，減低汙水的處理費用。

汙水處理菌種能夠提高系統抗衝擊負荷的能力，以應付有機物負荷過高的情況

汙水處理菌種能夠提高有機物去除率，顯著降低厭氧塘降解物，以恢復HRT。

汙水處理菌種能夠減少臭氣釋放量，抑制腐敗細菌的生長，降低沼氣，氨和琉化氫的產生。

汙水處理菌種能夠減少或消除出水中未分解脂肪酸導致的泡沫。

汙水處理菌種能夠抑制病原性微生物的繁殖，防止病害的產生。