在思想上，《漢書》的正統氣更濃，對封建王朝的維護與《史記》比較，顯得就更突出。《漢書》對統治集團的殘酷、腐朽、荒淫亦有揭露批判，但遠不如《史記》廣泛深刻。他沒有象《史記》那樣熱情歌頌農民起義中的英雄人物，沒有讚美遊俠、刺客、商人等下層人物的品質和才幹。認為司馬遷所歌頌的朱家、郭解等是“以匹夫之細，竊生殺之權，其罪已不容誅矣”；批評司馬遷“是非頗謬於聖人，論大道，則先黃老而後六經，序遊俠，則退處士而進奸雄，述貨殖，則崇勢利而羞貧賤”，兩人觀點，截然相反。在這方面，《史記》的思想，是《漢書》、也是歷代正史所不及的。

對漢武帝之後盛行的天人感應思想，《史記》的懷疑否定較多。《伯夷列傳》、《河渠書》、《封禪書》等篇中都有明顯表現。 班固則不然，《漢書》在《五行志》中將自然界的一切變故都與社會人事一一比附，十分可笑。《霍光傳》、《張湯傳》等講神異之事、因果報應。總的說，在對天人關係的認識上，班固比司馬遷有明顯倒退。

《漢書》多是冷靜敘述，在不動聲色之中，揭示出人物的精神面貌，思想性格。