瓊脂糖凝膠電泳其分析原理與其它支援物電泳的最主要區別是：它兼有“分子篩”和“電泳”的雙重作用。瓊脂糖凝膠具有網路結構，直接參與帶電顆粒的分離過程，在電泳中，物質分子透過空隙時會受到阻力，大分子物質在泳動時受到的阻力比小分子大，因此在凝膠電泳中，帶電顆粒的分離不僅依賴於淨電荷的性質和數量，而且還取決於分子大小，這就大大地提高了分辨能力。

瓊脂糖系天然的瓊脂加工製得，天然瓊脂是一種多聚糖，主要由瓊脂糖（約佔80%）及瓊脂膠組成。瓊脂糖是由半乳糖及其衍生物構成的中性物質，不帶電荷。而瓊脂膠是一種含硫酸根和羧基的強酸性多糖，由於這些基團帶有電荷，在電場作用下能產生較強的電滲現象。所以常用於血清蛋白、血紅蛋白、脂蛋白、糖蛋白、乳酸脫氫酶、鹼性磷酸酶等同工酶的分離和鑑定，為臨床某些疾病的鑑別診斷提供了可靠的依據。與免疫化學反應相結合發展成為免疫電泳技術，用於分離和檢測抗原。可對目前常用的瓊脂糖進行某些修飾，如引入化學基團羥乙基，則可使瓊脂糖在65℃左右便能熔化，被稱為低熔點瓊脂糖。該溫度低於DNA的熔點，而且凝膠強度又無明顯改變。以此為支援物進行電泳，稱為低熔點瓊脂糖凝膠電泳，主要應用於DNA研究。如DNA鑑定，DNA限制性內切酶圖譜製作等，為DNA分子及其片段分子量測定和DNA分子構象的分析提供了重要手段。

總結瓊脂糖凝膠電泳的優點如下：

1. 瓊脂糖凝膠電泳操作簡單，電泳速度快，樣品不需事先處理就可以進行電泳。

2. 瓊脂糖凝膠結構均勻，含水量大(約佔98%~99%)，近似自由電泳，樣品擴散較自由電流，對樣品吸附極微，因此電泳圖譜清晰，解析度高，重複性好。

3. 瓊脂糖透明無紫外吸收，電泳過程和結果可直接用紫外光燈檢測及定量測定。

4. 電泳後區帶易染色，樣品極易洗脫，便於定量測定。製成幹膜可長期儲存。

SDS-PAGE和瓊脂糖凝膠電泳使用的是完全不同的凝膠材料。SDS－PAGE採用的是聚丙烯醯胺，它是靠化學反應形成的凝膠。而瓊脂糖凝膠則是物理反應（加熱融化，冷卻凝固）。通常情況下，我們採用聚丙烯醯胺凝膠電泳來分離蛋白質，而瓊脂糖凝膠電泳來分離核酸。

膠體電泳不是膠體的特點，膠體的特點是具有丁達爾現象

凝膠電泳（英語：Gel electrophoresis）或稱膠體電泳，是一大類技術，被科學工作者用於分離不同物理性質（如大小、形狀、等電點等）的分子。凝膠電泳通常用於分析用途，但也可以作為製備技術，在採用某些方法（如質譜(MS)、聚合酶鏈式反應(PCR)、克隆技術、DNA測序或者免疫印跡）檢測之前部分提純分子。可分為瓊脂糖和聚丙烯醯胺凝膠電泳、脈衝電場凝膠電泳。蛋白質的凝膠電泳通常在加入十二烷基硫酸鈉的聚丙烯醯胺凝膠中進行（SDS-PAGE），或者非變性凝膠電泳，或二維電泳。

SDS電泳實際上是SDS-PAGE，SDS只是蛋白變性劑，而凝膠是聚丙烯醯胺。SDS-PAGE和瓊脂糖凝膠電泳使用的是完全不同的凝膠材料。

SDS－PAGE採用的是聚丙烯醯胺，它是靠化學反應形成的凝膠。而瓊脂糖凝膠則是物理反應（加熱融化，冷卻凝固）。通常情況下，我們採用聚丙烯醯胺凝膠電泳來分離蛋白質，而瓊脂糖凝膠電泳來分離核酸。當然，這並不絕對，如果要用來分辨鹼基數相近的核酸片段時，我們也會採用聚丙烯醯胺凝膠來進行電泳，如DNA測序反應中的變性聚丙烯凝膠電泳。

至於為啥瓊脂糖凝膠不用兩種濃度不同的膠，實際上是和SDS-PAGE與瓊脂糖凝膠電泳點樣孔方向有關。SDS－PAGE是豎膠，電泳點樣孔與電泳方向平行，點樣的時候肯定會造成樣品分佈不均。

所以需要一個高濃度的膠來預電泳保證在分離膠的時候所有蛋白處於同一水平。而瓊脂糖凝膠電泳時，膠是橫著的，點樣孔方向與膠的方向垂直，所以加樣的時候不會導致樣品電泳時不在同一水平。故不需要兩種不用濃度的凝膠。