互補鹼基，鹼基間的一一對應的關係叫做鹼基互補配對原則就是Adenine（A，腺嘌呤）一定與Thymine（T，胸腺嘧啶）配對，Guanine（G，鳥嘌呤）一定與Cytosine（C，胞嘧啶）配對，反之亦然。鹼基指嘌呤和嘧啶的衍生物，是核酸、核苷、核苷酸的成分。DNA和RNA的主要鹼基略有不同，其重要區別是：胸腺嘧啶是DNA的主要嘧啶鹼，在RNA中極少見；相反，尿嘧啶是RNA的主要嘧啶鹼，在DNA中則是稀有的。

在DNA分子結構中，由於鹼基之間的氫鍵具有固定的數目和DNA兩條鏈之間的距離保持不變，使得鹼基配對必須遵循一定的規律，這就是Adenine（A，腺嘌呤）一定與Thymine（T，胸腺嘧啶）配對，Guanine（G，鳥嘌呤）一定與Cytosine（C，胞嘧啶）配對，反之亦然。鹼基間的這種一一對應的關係叫做鹼基互補配對原則。

1、互補性鹼基是指DNA分子中兩條脫氧核苷酸鏈，根據鹼基互補配對的原則，一條鏈上的A一定等於互補鏈上的T；一條鏈上的G一定等於互補鏈上的C；反之如此。

2、在雙鏈DNA分子中，兩個互補配對的鹼基之和的比值與該DNA分子中每一單鏈中這一比值相等，即DNA分子中與該DNA分子每一單鏈中的這一比值相等。

3、DNA分子一條鏈中，兩個不互補配對的鹼基之和的比值等於另一互補鏈中這一比值的倒數，即DNA分子一條鏈中的比值等於其互補鏈中這一比值的倒數。

4、在雙鏈DNA分子中，互補的兩個鹼基和佔全部鹼基的比值等於其中任何一條單鏈佔該鹼基比例的比值，且等於其轉錄形成的中該種比例的比值。