蝦虎魚是透過卵生進行繁殖，會產下卵子孵化幼崽。蝦虎魚產下卵子後，小魚會在一天之後出來，這是小魚是完全透明的，直到第二天眼睛才會長出來。

蝦虎魚在六個月的時候就進入到繁殖期，八到十個月大的時候就會進行繁殖。雌性蝦虎魚在交配後，會有一個十五天的孕期，孕期結束後就會生產。

在蝦虎魚處於繁殖期時，飼養者需要給燈科魚補充營養。讓蝦虎魚有足夠的養分能夠孕育幼魚，以及能夠順利生產。

產卵場底質為砂礫，水深1～3米不等，產卵活動多發生於早上。產卵前，雄魚用胸鰭和腹鰭在砂礫上進行清掃，清理出一個直徑10～15釐米的圓形產卵窩。產卵窩十分潔淨，在水面上可清晰辨認。產卵時，雄、雌魚繞著產卵窩追逐。在追逐過程中排出卵子和精子。受精卵沉落於產卵窩中及其附近。卵橙黃色，透明，直徑0.5～0.6毫米，具黏性。以黏絲附著在石礫或其他硬物上進行孵化。孵化後可直接在淡水中成長，亦有順流到海中生長的，2～3個月後再溯河進入淡水。