自然資源局包括辦公廳、綜合司、法規司、自然資源調查檢測司、國土空間用途管制司、耕地保護監督司，以及地址勘察管理司、礦業產權管理司、海洋預警監測司、國土測繪司、地理資訊管理司等25個單位。

其內設部門主要有：辦公室、綜合科、政策法規科、行政審批科、自然資源調查監測和所有者權益科、自然資源確權登記科、開發利用科、國土空間用途管制科、國土空間生態修復科、耕地保護監督科、徵地拆遷管理科、建設用地報批科、礦產資源管理科、執法監察科、財務科、人事科等！

自然資源部設下列內設機構：

（一）辦公廳

（二）綜合司

（三）法規司

（四）自然資源調查監測司

（五）自然資源確權登記局

（六）自然資源所有者權益司

（七）自然資源開發利用司

（八）國土空間規劃局

（九）國土空間生態修復司

（十）國土空間生態修復司

（十一）耕地保護監督司

（十二）地質勘查管理司

（十三）礦業權管理司

（十四）礦產資源保護監督司

（十五）海洋戰略規劃與經濟司

（十六）海域海島管理司

（十七）海洋預警監測司

（十八）國土測繪司

（十九）地理資訊管理司

（二十）國家自然資源總督察辦公室

（二十一）執法局

（二十二）科技發展司

（二十三）國際合作司（海洋權益司）

（二十四）財務與資金運用司

（二十五）人事司

（二十六）機關黨委

自然資源局是以國土資源局，城鄉規劃局，國家林草局等部門整合後的一個行政單位，自然資源局也承續了這三個部門的職責，即執行《中華人民共和國土地法》、《中華人民共和國城鄉規劃法》、《中華人民共和國森林資源保護法》等法律法規的執法執罰工作，自然資源局也就包括了國有土地利用中心、規劃服務中心，林業服務中心等部門，這些部門就是以原來的國土資源局、城鄉規劃局，國家林草局的職能設立的。