一級結構：肽鍵。
二級、三級結構：各種副價鍵,主要是氫鍵,另外還有鹽鍵(-NH3+-OOC-)、酯鍵、二硫鍵、疏水相互作用、範德華力、金屬鍵等 。
四級結構：非共價鍵(主要是疏水相互作用)。
一級結構
蛋白質的一級結構就是蛋白質多肽鏈中氨基酸殘基的排列順序，也是蛋白質最基本的結構。它是由基因上遺傳密碼的排列順序所決定的。各種氨基酸按遺傳密碼的順序，透過肽鍵連線起來，成為多肽鏈，故肽鍵是蛋白質結構中的主鍵。
二級結構
蛋白質的二級結構是指多肽鏈中主鏈原子的區域性空間排布即構象，不涉及側鏈部分的構象。
（1）肽鍵中的C-N鍵長0.132nm，比相鄰的N-C單鍵（0.147nm）短，而較一般C=N雙鍵（0.128nm）長，可見，肽鍵中-C-N-鍵的性質介於單、雙鍵之間，具有部分雙鍵的性質，因而不能旋轉，這就將固定在一個平面之內。
（2） 肽鍵的C及N周圍三個鍵角之和均為360°，說明都處於一個平面上，也就是說六個原子基本上同處於一個平面，這就是肽鍵平面。肽鏈中能夠旋轉的只有α碳原子所形成的單鍵，此單鍵的旋轉決定兩個肽鍵平面的位置關係，於是肽鍵平面成為肽鏈盤曲摺疊的基本單位。
（3） 肽鍵中的C-N既具有雙鍵性質，就會有順反不同的立體異構，已證實處於反位。
三級結構
蛋白質的多肽鏈在各種二級結構的基礎上再進一步盤曲或折迭形成具有一定規律的三維空間結構，稱為蛋白質的三級結構。蛋白質三級結構的穩定主要靠次級鍵，包括氫鍵、疏水鍵、鹽鍵以及範德華力等。這些次級鍵可存在於一級結構序號相隔很遠的氨基酸殘基的R基團之間，因此蛋白質的三級結構主要指氨基酸殘基的側鏈間的結合。次級鍵都是非共價鍵，易受環境中pH、溫度、離子強度等的影響，有變動的可能性。二硫鍵不屬於次級鍵，但在某些肽鏈中能使遠隔的二個肽段聯絡在一起，這對於蛋白質三級結構的穩定上起著重要作用。
四級結構
具有二條或二條以上獨立三級結構的多肽鏈組成的蛋白質，其多肽鏈間透過次級鍵相互組合而形成的空間結構稱為蛋白質的四級結構。其中，每個具有獨立三級結構的多肽鏈單位稱為亞基。四級結構實際上是指亞基的立體排布、相互作用及接觸部位的佈局。亞基之間不含共價鍵，亞基間次級鍵的結合比二、三級結構疏鬆，因此在一定的條件下，四級結構的蛋白質可分離為其組成的亞基，而亞基本身構象仍可不變。
一級結構：肽鍵。
二級、三級結構：各種副價鍵,主要是氫鍵,另外還有鹽鍵(-NH3+-OOC-)、酯鍵、二硫鍵、疏水相互作用、範德華力、金屬鍵等 。
四級結構：非共價鍵(主要是疏水相互作用)。
一級結構
蛋白質的一級結構就是蛋白質多肽鏈中氨基酸殘基的排列順序，也是蛋白質最基本的結構。它是由基因上遺傳密碼的排列順序所決定的。各種氨基酸按遺傳密碼的順序，透過肽鍵連線起來，成為多肽鏈，故肽鍵是蛋白質結構中的主鍵。
二級結構
蛋白質的二級結構是指多肽鏈中主鏈原子的區域性空間排布即構象，不涉及側鏈部分的構象。
（1）肽鍵中的C-N鍵長0.132nm，比相鄰的N-C單鍵（0.147nm）短，而較一般C=N雙鍵（0.128nm）長，可見，肽鍵中-C-N-鍵的性質介於單、雙鍵之間，具有部分雙鍵的性質，因而不能旋轉，這就將固定在一個平面之內。
（2） 肽鍵的C及N周圍三個鍵角之和均為360°，說明都處於一個平面上，也就是說六個原子基本上同處於一個平面，這就是肽鍵平面。肽鏈中能夠旋轉的只有α碳原子所形成的單鍵，此單鍵的旋轉決定兩個肽鍵平面的位置關係，於是肽鍵平面成為肽鏈盤曲摺疊的基本單位。
（3） 肽鍵中的C-N既具有雙鍵性質，就會有順反不同的立體異構，已證實處於反位。
三級結構
蛋白質的多肽鏈在各種二級結構的基礎上再進一步盤曲或折迭形成具有一定規律的三維空間結構，稱為蛋白質的三級結構。蛋白質三級結構的穩定主要靠次級鍵，包括氫鍵、疏水鍵、鹽鍵以及範德華力等。這些次級鍵可存在於一級結構序號相隔很遠的氨基酸殘基的R基團之間，因此蛋白質的三級結構主要指氨基酸殘基的側鏈間的結合。次級鍵都是非共價鍵，易受環境中pH、溫度、離子強度等的影響，有變動的可能性。二硫鍵不屬於次級鍵，但在某些肽鏈中能使遠隔的二個肽段聯絡在一起，這對於蛋白質三級結構的穩定上起著重要作用。
四級結構
具有二條或二條以上獨立三級結構的多肽鏈組成的蛋白質，其多肽鏈間透過次級鍵相互組合而形成的空間結構稱為蛋白質的四級結構。其中，每個具有獨立三級結構的多肽鏈單位稱為亞基。四級結構實際上是指亞基的立體排布、相互作用及接觸部位的佈局。亞基之間不含共價鍵，亞基間次級鍵的結合比二、三級結構疏鬆，因此在一定的條件下，四級結構的蛋白質可分離為其組成的亞基，而亞基本身構象仍可不變。